近端鋒隊伍沒有太多變化，弗農-戴維斯和洛根-紐曼都沒有合同問題，然后去年的新秀德馬庫斯-多布斯從陪練組提拔了上來，去年就在主力陣中的新秀加雷特-塞萊克（Garrett-Celek）也正在慢慢成長起來，足夠擔任替補。
球隊還是在選秀大會之上，以第二輪五十五順位選擇了萬斯-麥克唐納（Vance-McDonald），作為補充。
跑衛隊伍則依舊是弗蘭克-高爾和馬庫斯-林奇領銜，安東尼-迪克森被交易到了布法羅比爾，布魯斯-米勒因為傷病賽季報銷，肯達爾-亨特和拉邁克爾-詹姆斯將成為替補球員。
整體來說，進攻組還是以青年軍為主，沒有太多變動，進攻鋒線的替補陣容和外接手陣容依舊是球隊需要給予關注的焦點，最大的遺憾就是外接手凱爾-威廉姆斯的轉會——常規賽的那一次意外受傷，他就再也沒有能夠作為舊金山49人的球員登場了。
其次是防守組。
整個變動就顯得十分激烈了。
防守鋒線之上，尖峰伊薩克-索鉑加轉會前往費城老鷹——當初索鉑加和施耐德是非常要好的朋友，去年施耐德轉會、索鉑加上位；今年施耐德回歸、索鉑加轉會，兩個人似乎始終都沒有能夠再續前緣。
有趣的是，接替索鉑加位置的格倫-多爾西（Glenn-Dorsey）是從堪薩斯酋長轉會而來的。今年休賽期兩支球隊之間的來往著實頻繁。
兩名防守端鋒賈斯汀-史密斯和雷-麥當勞都留下了，但替補球員卻經歷大洗牌。
線衛之上，四名首發線衛帕特里克-威利斯、納渥羅-鮑曼、艾哈邁德-布魯克斯、阿爾東-史密斯全部都沒有合同問題，但替補球員也全部清洗，六名球員全部更換——這也意味著，舊金山49人在三檔防守之中的陣型和戰術都必須重新布置了。
二線防守之中，職業碗安全衛達尚-戈德森高價轉會坦帕灣海盜，這是球隊傳球防守中的最大損失，安全衛和角衛的其他位置之上出現了五張新鮮面孔競爭首發。
防守組的替補陣容基本全部完成換血，前前后后超過十名球員離開了球隊；盡管首發陣容基本維持住了現狀，但對于三檔防守和紅區防守這樣關鍵時刻的對抗，卻將面臨更多沖擊和挑戰。
歸根結底，哈勃才剛剛接手球隊兩年，主力陣容的合同相對穩定，超級碗奪冠之后需要面臨的困局就緩和了許多；盡管如此，替補陣容的翻天覆地，卻勢必將成為新賽季的未知因素，可能變得更好、也可能變得更糟。
2012賽季之中，防守組關鍵時刻出現失誤的狀況就著實不少，尤其是季后賽，現在這支隊伍保持住了基本框架，但進入2013賽季之后，所有球員的年齡又將增長一歲，尤其是線衛和防守鋒線更是如此——除了阿爾東之外，清一色老將，這也意味著替補的板凳深度更加重要。
而現在，替補板凳球員卻更換了大半，事情就越發不確定起來了。