“我TM來到的到底是個什么樣的世界？”
宇智波京看著眼前掛著“忍術革新協會”牌子的大樓，不由得愕然。
在他帶著宇智波泉回到原世界三年后，在宇智波泉強烈想回去看看的要求下，他便帶著她一起重新乘坐龍脈穿越時空。
剛來到這個世界，他和泉便遇到了一個猶如鬼神一般恐怖的男人，集合永恒萬花筒寫輪眼，完美仙人體還有初代木遁于一體！
宇智波京自認以他的實力，就算千手柱間和宇智波斑復生，他也不遜絲毫，甚至戰而勝之，但面對那個名為宇智波啟的男人，兩人大戰了幾百回合，以兩敗俱傷為結束。
“你我雖然同為宇智波一族，但你和我專注于血脈的開發不同，更像誠那個家伙一樣，是一個專注于研究創新，追尋忍術本質的開創性忍者。”
那個名為宇智波啟的男人是如此對他說道，為了弄清這個世界的真相，宇智波京便和泉一起偽裝潛入木葉。
“比起家族那位實力強勁的啟前輩，我更敬佩這位誠前輩呢。”泉上前一步，有些遺憾的說道
“將查克拉普及到各行各業，將忍者從戰斗殺戮的命運中解放出來，以忍術成為第一生產力，讓生產力徹底解放，整個村子都進入忍術革命的時代，好瘋狂的夢想，好大的氣魄！”
“是啊，好大的氣魄！”宇智波京點點頭，哪怕是他，也不由得為這位名為宇智波誠之人感到由衷的欽佩，普及查克拉，發動忍術革新，解放生產力，跟他前世那些浴血奮戰的先輩們太像了。
四代目火影在上位之前，在以宇智波兩大穿越者為首的輔助下，開創了“忍術革新協會”，大力發展生產力，爆發了驚人的生產能力和經濟能力，脫離了火之國的供養和對任務的依賴，木葉實現了自給自足。
“可惜啊.....”看著火影巖上的四代火影雕像，宇智波京不由得有些遺憾，他們差點就可以改變整個世界，如果以這種趨勢進行下去，別說帶土長門，就是初代目和宇智波斑復生加在一起，也會被人才濟濟的巔峰木葉吊打。
可惜，任何革新都會遭到守舊勢力的瘋狂反撲，任何改革都會觸動守舊派的利益，在守舊派的瘋狂反撲之下，加上穿越者自己也并不是鐵板一塊！
矛盾，利益，糾葛，最終內戰爆發了，哪怕以四代火影波風水門的高超魅力也不能制止這次內戰。
以宇智波啟與宇智波誠為首的兩大穿越者徹底決裂，木葉各大高層家族等勢力席卷其中，爆發了一場木葉史上最強的內戰，這次內戰的慘烈程度還遠遠在初代千手柱間與宇智波斑終結谷之上。
宇智波啟帶著一半的宇智波一族獨走，以一己之力對抗巔峰時期的木葉，其中不乏革新會主席的宇智波誠，四代目最強輔助千手真勇，玖辛奈最強弟子白夜叉等一眾穿越強者，宇智波啟力戰千里，最終成功帶離一眾追隨者。
這一戰，宇智波啟以一種毫無爭議的姿態被冠以忍界最強之名。
因為這次殘酷的內戰，三代帶領一群精英進行追擊，造成本村內部空虛，被帶土抓住機會發動了如原著一樣九尾之亂，水門夫婦戰死，劇情再度回歸原本的歷史節點。
這次內戰后，四代火影戰死，木葉的改革頓時戛然而止，各大穿越者隨著矛盾，漸行漸遠，比如那位姍姍來遲的白夜叉則帶著水門夫婦之女波風未來離開木葉。