明總兵馬世龍受命指揮各路援兵，保衛京師。后金軍見此次南下目的已經達到，于次年正月連克通州、遷安、遵化、灤州（今河北灤縣）諸鎮北歸。
十二月一日，崇禎帝逮捕袁崇煥，祖大壽在旁見此情景，戰栗失措，立刻逃回錦州。袁崇煥下獄，遼東兵潰，皇太極所率后金兵繼續得以在京師附近攻掠。他們見北京不可下，便西趨良鄉，克固安，然后返回，過北京近郊時得到消息，原來攻下的十余城皆叛。
袁崇煥被逮捕時，是孤身一人。
在面對敵人數千兵力的情況下，與后金軍交戰，在京營出擊接應的情況下，擊退了后金軍。這時袁崇煥急不可待地要入城“議餉”。
袁崇煥來到北京城下。北京這時是九門戒嚴，城門禁閉。城上用繩子吊一個筐子下來，袁崇煥就坐在筐子里被提到城上。
袁崇煥到了平臺之后，崇禎皇帝嚴肅地坐在那里，沒有議軍餉，而是下令將袁崇煥逮捕。
袁崇煥被逮捕，原因或許有三，其一，袁崇煥提出五年平遼，但是卻讓后金兵馬肆虐京師，這是自土木堡之變后，京城再度受到敵軍攻擊。
其二，這一次侵襲，讓京畿的經濟被破壞，勛貴高官們的利益破損，而且不少人親屬傷亡，導致民意沸騰。
其三，也是因為皇太極的反間計奏效。
而且崇禎因為東林黨黨爭一事，厭惡了朝廷內部無休無止的爭吵，便開始了快刀斬亂麻的“唯結果論”的政治政策。
當年導致薩爾滸之戰戰敗的楊鎬，被關在牢里十多年，最后被崇禎拉出來，當了第一個刀下之鬼。
袁崇煥被捕，也在意料之中，到了后來八月，袁崇煥被凌遲處死，京師百姓食其皮肉，大概就是因為后金這次侵襲，讓百姓們憤恨袁崇煥沒能擋住后金吧。
后金這次侵入，其一使廟社震驚，根本動搖。皇太極率軍進攻北京，標志著崇禎帝中興之夢的破滅。
明朝京畿地區的防御體系遭到重創或破壞，失去（陣亡或被俘）總兵趙率教、滿桂、孫祖壽、麻登云、黑云龍、朱國彥六員，兵部尚書王洽、工部尚書張鳳翔、薊遼督師袁崇煥、遵化巡撫王元雅、總理薊遼保軍務劉策等或死或下獄。明朝受到巨大震動，元氣大傷。
第二，閹黨余孽，掌控閣部。后金軍撤退之后，明廷沒有認真地總結經驗教訓，而是借機傾軋，進行黨爭。
崇禎帝沒有從全局分析北京己巳之役的歷史經驗和教訓，而是以殺袁崇煥出氣、泄憤。
閹黨余孽借機翻逆案，打擊東林黨。東林黨內閣大學士韓爌、錢龍錫、成基命、李標等去職，而代之以周延儒、溫體仁等佞臣入主內閣。六部九卿也相應變更。這標志著崇禎新政的結束。
第三，京師城防，守備虛懈。在此戰之前，北京人過了180年的和平生活，戰爭突然降臨，沒有任何實際準備。
守城官兵既不知道火器的名稱，也不知道火器的使用。北京城險些喪于皇太極之手。這次戰役在明清易代史上具有極為重大的意義：從宏觀上來說，它標志著雙方戰略形勢的又一次重大轉變。明朝的堡壘推進、經濟feng鎖和外交聯盟政策都在此役后逐漸瓦解，永久性地失去了戰略主動。
第四，財富被掠，生民涂炭。京畿、京東地區遭到后金軍的大肆擄掠。占領永平的后金貝勒阿敏撤退時，進行屠城。
總之，后金軍隊殃及的地區，生民涂炭，百業凋零。這些都加劇了明朝的社會矛盾，加速明朝滅亡。