其實，劍臣所寫的奏折，也是林聰讓余天海帶話潤色好的！要不然，劍臣只是出身草莽，根本就不知道該怎樣寫奏折呈報給皇上！劍臣的奏折之中，也沒有寫什么其他的東西，只是將自己派萬全來京城要軍需的火藥，萬全竟然伙同馮鵬云，將神機營一千軍備取走的事情，原原本本的報給了皇上而已！
再聯系到萬全在妓院被抓，皇上自然想到了，萬全趁著奉命回京的時機，偷去了神機營的軍備，直接跑到了妓院享樂，這些事情聯系到了一起，不正是挪用軍需、延誤軍機嗎！
這兩個罪名再加上刑部報上來的欺壓良善、強納民女，皇上能不怒嗎？深深的吸了一口氣，皇上朱見深，用力在龍椅上拍了一下，隨即大聲喊道：“這萬全真是罪該萬死，汪直，馬上擬旨，將這萬全免去神機營副參將的職務，直接……哎！這萬全好歹是萬貴妃的親戚，流放就免了，直接貶為貧民，永不敘用！至于那張家，哎……這樣吧！張家的公子，不是有著功名在身嗎？就讓他到刑部當一個郎中吧！算是朕給他的補償……這萬全是朕的親戚，結果害了他，朕要赦免了萬全，等于讓張家含冤莫白，所以，朕就破格任用他吧！張家也是書香門第，在永樂年間，張家也算是國之棟梁……就這樣吧！哦對了，神機營副參將的職務也不能空著，這樣吧！這神機營的副參將，其實就是參將的副手，就讓劉士臣物色一個人吧！劉士臣的父親可是朕的發小，當年朕也是一時氣憤……將他貶到了浙江，結果讓他被白蓮教的亂黨殺害了，現在朕每每想來心中總是有些痛心的，這劉士臣也是太子的侍讀，神機營在他的手中，朕也放心，就讓他推薦一個人吧！至于那個神機營的把總，叫什么馮鵬云的，就讓劉士臣自己處置吧！這樣吧，神機營把總一下的任職，就讓劉士臣自己做主吧！畢竟主將親自提拔的人，才能更好的控制軍隊！還有就是，神機營原來的監軍，也和那鮑元初一起被斬殺了對吧！按照我大明的規定，任何軍隊都必須有監軍，這樣吧！原太子東宮貼身太監王岳，以后就到神機營擔任監軍吧！汪直，這件事情你也一并擬旨就好！”說完之后，皇帝必須朱見深，有些疲憊的揮了揮手！
聽了這話，林聰等擁護太子的人，都是露出了一絲微笑！皇上這樣做，很明顯是在太子鋪路！劍臣是林聰的外甥，林聰一直就是擁護太子的一眾官員的首領，再加上劍臣是太子侍讀出身，這些都說明了，劍臣是絕對忠于太子的！而王岳不用說，也就是太子的嫡系！皇上先是給劍臣提升了全力，直接竟神機營各個將官的任免權，交給了劍臣，接著又派王岳去擔任監軍，這正是在幫助太子的嫡系掌握兵權！
其實，在今天之前，汪直已經提出來，司禮監要給神機營派監軍！當時，汪直自然不會知道，萬全會出事，當時他的想法就是，以萬全這個神機營的副參將，加上監軍，將劍臣架空，掌握神機營的兵權！而皇上突然來了這一手，不但將劍臣的全力增大了，同時拍了監軍，這樣一來，汪直想要控制神機營已經不可能了！因為汪直自己知道，一旦劍臣有了神機營各個將官的任免權，自己在神機營之中安插的人手，必然會被清除！所以聽了這話，汪直和梁芳等人臉色大變！
朝堂上的這一次交鋒，以有心算無心的情況下，林聰等人又是贏了一回，當然這些劍臣都不知道，在劍臣一早將自己的奏折快馬呈報給皇上之后，劍臣就立即集合全軍，當場宣布了馮鵬云的罪行，然后直接剝奪了馮鵬云的把總職務，并將馮鵬云關了起來！
到了下午的時候，圣旨就下來了，知道自己有了神機營各級將官的任免權，劍臣嘴角露出了一絲微笑！到了晚上，王岳帶著一個小太監，來到了神機營！
王岳這個時候，只是太子的貼身太監，還不是弘治皇帝一朝的時候，那個內相王公公，因此，對于當過太子侍讀的劍臣，王岳很是客氣，見到了劍臣，王岳笑瞇瞇的開口說道：“劉大人，我們又見面了，現在咱家和劉大人可算是再次共事了，軍隊的事情，還是勞煩劉大人多費心才好，咱家看不懂這些的，咱家知道，讓咱家來神機營，只不過是堵住某些人的嘴罷了，來的時候，太子殿下已經交代過了，到了神機營，咱家萬全聽從劉大人的指示，請劉大人放心！”說完之后，王岳還給劍臣遞過來了一封信，說是太子殿下寫給劍臣的！
太子朱祐樘，也就是后來的弘治皇帝，對劍臣很是客氣，直接在信中給劍臣說，讓劍臣抓好神機營的兵權，還說閹黨增在圖謀什么，讓劍臣小心一類的話，在信中太子殿下明顯是在告訴劍臣，他很信任劍臣！
有了神機營各級官員的任免權之后，劍臣當天晚上，就當著王岳的面，任命燕月飛為神機營新的副參將，同時，李悠然擔任自己親軍的把總！
并正是任命陳南祥為神機營后勤營的副把總，并提拔了一個副把總！到了第二天，劍臣宣布，開始徹查神機營各營之中的賬務以及訓練消耗的情況開始大力的整頓神機營！
在劍臣的一系列的動作之下，在閹黨還沒有反應過來的時候，劍臣先是將何天風好于爭鄂以賬務不明，訓練不嚴為名，免去了把總的職務，直接讓李悠然接任何天風的職務，同時讓原本于爭鄂的副手王勇超接任于爭鄂的職務！有暗中讓李悠然將一時無法找到理由收拾的周正龍好謝楠暗殺！這樣一來，神機營之中，原本閹黨的親信，全部被劍臣清除掉了，接下啦在燕月飛的輔助下，劍臣開始整頓神機營的軍務！