緊接著，尼奧被按在審訊桌上，史密斯特工拿出一只電子蟲，蟲子很快就鉆進了尼奧的肚子里，讓觀眾們更不明白史密斯在做什么，這實在是有一些詭異。
緊接著畫面切換，尼奧從夢中驚醒，似乎剛剛發生的只是一場夢，只是接下來尼奧和崔妮蒂再次見面時，崔妮蒂用殺蟲器從尼奧身上吸出了那只電子蟲，證明了史密斯特工所動的手腳，并不是尼奧的夢境。
不過此時觀眾開始疑惑史密斯這么做到底是為了什么，而且影片許多的情節充滿了詭異的感覺，仿佛這個世界隱藏著什么。
懸念牢牢吸引住觀眾的心思，他們都想知道這究竟怎么一回事，只有少數看過的影迷，此時帶著一些優越感看了看滿臉疑惑的其他觀眾，好不容易才忍住了劇透的想法。
接下來尼奧終于還是見到了墨菲斯，在兩個人的對話中，這個世界的本質開始展現冰山一角。
這個時候的墨菲斯仿佛就像是一個神棍，他的話也讓人充滿了探知的**。
“這個世界是一個沒有知覺的牢獄？母體無處不在！如果你想脫離夢魘，去真實世界看看……”
尼奧最終沒有忍住心中的好奇，決定去看看墨菲斯所說的真相，而吞下藥丸后，尼奧發現這個世界似乎變得扭曲了起來。
這個時候，觀眾們都知道了，尼奧他們所在的世界是夢魘，是牢獄，另一個真實的世界在等著他們！
接下來，畫面轉換，觀眾看到了完全不一樣的世界，在類似培養槽的設施中，一個人掙扎的爬了起來，他身上插滿了管槽！
雖然光頭光身，但觀眾還是一眼認了出來那是尼奧。
畫面隨著尼奧的視角轉動，周圍是無數類似培養槽的設施，除了偶爾亮起的閃電，從地面到半空再到高空，都是一片漆黑，其中還能看到飄動的厚厚的烏云和塵埃，完全是一副末日般的景象。
“歡迎來到真實世界！”墨菲斯說出了這句話，而且伴隨著影片情節的推動，尼奧回到了真實的世界，漸漸恢復了正常，一個真正的世界隨著墨菲斯的訴說展現在了人們的面前。
母體！電子信號！真實的世界！矩陣世界……一個個答案從在墨菲斯口中說了出來，讓許多的觀眾恍然大悟的同時都忍不住吃驚，同時心中冒出來了這樣的一個念頭：如果這就是真實的世界，那真實就實在太過殘酷了，那些生活在矩陣中的人，跟行尸走肉有什么區別？
這個時候，不少的觀眾目光掃向手中的可樂和爆米花，忍不住冒出來了這樣的想法：“我們看到的，喝到的這些……不會也都是電子信號吧？”
然而此時一些讀過的觀眾卻忍不住露出神秘的笑容，因為他們知道，目前這些讓觀眾大吃一驚的“真相”，其背后的一切更為驚人，整個《黑客帝國》反轉每一次讓人大吃一驚的同時，又會讓許多人覺得在情理之中。
當然，后面的這些保羅也不會在第一部拋出來，此時觀眾們的注意力，也很快就被影片轉移了，《黑客帝國》的賣點在真實和虛幻的思考上，其中甚至還有大量的故弄玄虛的哲學和神秘學的探討，而電影卻絕對不是，它的目的是帶給觀眾一場無與倫比的視聽盛宴。