劉遠這段時間也是焦頭爛額，他的任務是訓練士兵。劉遠手邊現在有三千士兵，其中兩千人是原來吳縣的縣兵。還有一千人是楊云從京城招募的新兵。
這三千人戰力非常差，由于他們將是對付土匪的中堅力量，所以對他們的訓練成了當務之急。連修繕城墻這樣重要的事情，都沒有叫他們參加。
楊云給劉遠的任務是，加強對這些士卒的訓練，讓他們有一定的作戰能力。以免在即將來臨的土匪攻擊面前，顯得不堪一擊。
來到軍營的第一天，劉遠和這些士兵見了面，給他們訓了話，鼓勵他們努力訓練，保護吳縣。此外，還宣布了軍營的規定，要求所有人從第二天起，每天準時訓練。
第二天一早，劉遠早早的來到訓練場，命令號手吹響集合的牛角。
可是出現的情況讓劉遠十分失望，這些士卒出來得慢慢吞吞，并且大多數人都衣冠不整。
甚至還有一些老卒，躲在營帳里邊兒睡覺，根本沒有出來。
劉遠從小在軍中長大。對軍中的規矩十分清楚，他派人將那些躲在軍營里的老兵拖了出來，每人二十軍棍，打的他們皮開肉綻。
其余的士兵見了，都下嚇了個膽顫心驚，暗暗慶幸自己。按照命令準時來到校場。在稍后的訓練中，這些士兵們就老實多了，不折不扣的執行劉遠的命令。
劉遠的第一個命令是，讓這些士兵捉對廝殺，他想看看，這些士兵中哪些功夫還不錯，能夠重用。
第二個命令是，圍著校場跑圈。他想知道，哪些人平時自律，有較好的身體素質。
由于時間比較匆忙，他沒有來得及精挑細選。把這三千人分成了三個千人隊。從中選出了三個功夫不錯身體素質也不錯的人任千夫長。
由這三個千夫長，把各自的隊伍又進行進一步的細化，選出百夫長，什長和伍長。然后由這些選出的軍官們，帶領著手下的士兵。
由于需要這些士兵盡快的投入戰場，所以劉遠沒法按步就班地對他們進行系統訓練。于是劉元主要在打熬體力、練習戰技、操演陣形這三個方面下功夫。
其中打熬體力。主要的訓練方式是而是練石鎖，砸木樁，這是軍中常用的一種訓練手段。主要是為了增加增強這些士兵的力量。
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而練習戰技，也就是練習刀弓等武器的使用技巧，有打樁（打靶）的單人練習，也有兩人一組的對練。
最麻煩的還是操練陣型，而且變化比是相當復雜的，所幸要求卻不高，像整隊時間，站位準確，要求都是比較低的（畢竟這些士兵大多文盲，要求高了很難做到）。
“平時多流汗，戰時少流血”。劉遠對楊云的這句話奉如至寶。所以他也時常用這句話鞭策手下的士兵。
訓練時，要求所有士兵必須做到。不怕累，也不怕要受傷。在劉遠近乎殘酷的訓練下，這些士卒每天訓練結束，都恨不得趴在那里一動都不動。
為了調動士兵的訓練積極性，他實行了獎懲政策。每天讓廚房將士兵的飯食分成兩個標準，訓練認真效果明顯的士兵，就有大魚大肉。
而訓練偷懶，效果特別差的士兵。吃的就特別差，甚至還有可能沒有飯吃。最嚴重的，就是一頓軍棍伺候。
就短期看，劉遠這種胡蘿卜加大棒的訓練方法，還是非常有效的。幾天時間下來，士兵的力量、耐力，以及對戰能力都有了一些進步。