根，陽光照耀下的木葉深處，隱藏著承擔黑暗分量的組織便是根！
終年不見陽光，在這黑暗中活躍的成員心底難免在不斷滋生著邪惡。
志村團藏在失去了至愛的兒子后，好不容易被志村輝影響到有些許人情味，現在團藏他的心態也越發靠近原著中的團藏了。
實力和器量不足以支撐自己的野望時，團藏的做法就開始越發極端起來，原本的尚存的公心也隨著歲月化作了私欲的借口。
為了木葉我必須這么做！不知何時起這句話開始掛在嘴邊。團藏心底雖然不愿意承認，不過他也意識到了復仇的**已經徹底侵蝕了他。
無妨，為了木葉，為了輝，我背負再多鮮血和黑暗又如何？宇智波一族絕對不能留！
八年前的夜晚，九尾襲擊村子，擁有寫輪眼的幕后黑手，已經穿透心臟死亡的志村輝，這些場景早已在無數次深夜中化作夢魘影響著團藏了。
而這些種種原因都在讓團藏逐漸走向黑暗，再過個一兩年，團藏就會徹底泯滅心中的善，徹底變成了純黑色的惡。
正在團藏準備籌謀計劃的時候，五代目旗木朔茂突然來到了根組織基地，并且拋出了和團藏合作的橄欖枝。
團藏和五代目旗木朔茂交談后，雙方達成了一個共識，就是要將宇智波一族的威脅扼殺在搖籃之中。
旗木朔茂作為五代目火影，對于這種事情他是不能夠親自出手的，帶土控制下的旗木朔茂更加不能夠輕舉妄動。
三代目火影的存在肯定會掣肘旗木朔茂的行動，火影直系的暗部若是出動滅亡宇智波一族，定會引發旗木卡卡西和宇智波鼬的警覺。
二者都擁有寫輪眼，而且都是實力不俗的強手，若是被他們察覺到旗木朔茂被控制的跡象，帶土的計劃可就全面崩盤了。
所以出于考慮還是需要團藏的根組織出手，而帶土自己則可以暗中和根進行合作。
只要將擁有萬花筒寫輪眼的宇智波止水殺死，宇智波一族就等同于失去了鋒利獠牙的野獸，威脅也就降到了最低。
只有三勾玉寫輪眼的宇智波族人最多也就上忍實力，在上忍戰力的數量上，只憑宇智波一族是比不過根組織的成員的。
到時候擁有影級實力的志村團藏和宇智波帶土再合作出手，宇智波一族的覆滅也就是時間上的問題了。
于是在幻術控制下的旗木朔茂和志村團藏商議，在覆滅宇智波一族他會秘密派遣暗部包圍宇智波一族的住區，在外圍設置好結界。并不主動參與其中，提前隔絕宇智波與村子內部的聯系。
由于結界展開的人手是由暗部的封印部和結界部負責，這又和旗木卡卡西和宇智波鼬所在的暗殺部分開，盡可能做到對其絕對保密的程度，拖延到宇智波一族的覆滅為止。