當完成最后一次跳躍，回到聯邦境內的神舟號向施耐德博士發了聯絡信號后不到三個小時的時間，一整支聯邦戰斗群，以各種方式來到神舟號所在邊境星系，將神舟號完全包圍起來。
接著，措辭極為嚴厲，要求神舟號關閉武器系統與引擎的命令就傳達到艦上，緊跟著，數千名聯邦軍陸戰隊以及更多的戰斗機器人部隊登上了神舟號，接管了這艘星艦，并將船上所有乘員全部扣留軟禁，進行了全面身體檢查與隔離。
折騰了足有兩周的時間后，才宣布他們是安全的，并釋放了船員們，但神舟號想要返回原本船塢，隨行者除了由一艘無畏艦，四艘戰列艦以及大大小小近百艘星艦組成的“護衛”艦隊外，船上還有三倍于編制人員數量的軍方人員跟隨。
直到神舟號回到紐澤倫星系，與待在那里繼續研究長城科研站的喬伊·施耐德等人匯合后，才知道為何聯邦軍會如此如臨大敵一般對待歸來的他們。
就在神舟號出航前去與渥爾夫族反抗者進行會面之后幾天時間里，聯邦邊境也出現多次入侵報告，多個小型殖民地被摧毀，多支邊境巡邏艦隊失去聯系，聯邦政府認為全面入侵已經到來，因此下令邊境進入全面警戒狀態，當神舟號出現在邊境星系的時候，聯邦軍是以再次入侵來應對的，哪怕已經收到報告是自己人返回也是如此。
他們擔心神舟號已被占領，船員也被控制，異族軍隊會利用神舟號上的安全通行碼潛入人類領地，因此才如臨大敵一般將神舟號按敵艦身份對待——知曉這些后，神舟號的乘員們只能慶幸，幸好聯邦軍方沒有先開炮后問話的習慣。
神舟號最終被送回船塢進行全面檢修，船上存儲的各種戰斗數據，星圖，以及一些打撈到的戰利品，也被軍方、研究機構分配。
只是誰都不知道的是，神舟號上最大的收獲，古代人類最高級別軍用AI戰斗火花，卻因為文靜事先就修改了航行記錄，不再存在于官方名單之中，而是跟著文靜等核心人員一起，混在那些智能機器人設備之中，悄悄去往施耐德博士的研究所。
就算是那幾個狼人代表聯邦政府也是知曉它們存在的，但喬伊·施耐德博士還是決定先將戰斗火花的事隱藏起來，她認為現在就公布戰斗火花的身份還為時過早了些，聯邦內部也并沒有因為外敵入侵而開成鐵板一塊，她認為得再觀察一段時間再慢慢向聯邦政府高層傳遞這個信息——聯邦政府內部始終存在其他勢力的眼線，以及投降派。
這也就意味著，喬伊·施耐德博士目前并不怎么信任政府官員們。
丁乙不知道這其中發生了什么事，但他還是同意了喬伊的意見，認為現在就公布真相并不會提升人類總體戰斗力，反而會引發一些不必要的內部爭斗。