第八十八天，外城墻已經失守，被全面放棄，幸存的五千人進入地下內城。平野戶田和中岡麻美抱在一起引爆了自身的庫因克武器，為大部隊斷后。
第九十二天，為了防止巨型肉食蟑螂的騷擾，不得已堵死了各種地下通道。剩下的兩千多人已經是在茍延殘喘。庫因克狙擊手南里香重傷不治。
第一百天，一只高達五十米，由無數尸體組成的超巨型融合體，實力達到4階的怪物，徹底的將幸存者基地夷為平地。
自此，幸存者數量不足十人，人類宣告滅絕。
天地開始模糊，變得混沌，東京圈邊緣的封鎖也開始消散。
天開始向下沉，地開始變得薄弱，天地之間開始如同混沌一樣變得模糊，如同霧氣，漸漸合攏……
殘存的幾個幸存者在不同的地方，看著這天通天地初開的一幕。
重傷瀕死，但是面無表情的桂言葉，靜靜地看著天空。她身上衛淵給的各種保命物品都已經用盡了。衛淵走后，再無人能夠指揮得了她，她只是在憑借本能在戰斗。
大胸校醫，運氣超好只受到了一些擦傷的鞠川靜香，倚在一塊斷裂的混凝土上，安靜的看著世界的變化。
斷了一只手臂，但是憑借著衛淵給的究極庫因克武裝和治療藥劑，硬是挺到了最后的竹取百合子，看著霧氣漸漸包裹而來。十天前，她的女兒高城沙耶因為重傷和病痛死在了她的懷里。
一條陸人僅剩下上半身，卻也只有腦袋和一只手臂露出在外，剩下的部位被垮塌的建筑壓住。
……
衛淵在離開幻界之后，曾經花費了好些物資卡留了后手。
遠山良太能夠保存重置記憶，衛淵也要試一試讓其他人也保留記憶。
他前后和十幾個人說了這個幻界存在的真相，并且利用物資卡和靈魂源質，為其強化靈魂，爭取復制遠山良太的經歷。
如今居然只剩下四人。
此時，世界已經開始重置了。
幸存者們看到了遠處天邊是蔚藍的天空，幾絲云彩散亂的在天上飄蕩。那邊的世界好像是東京外，又不太一樣。而東京圈一線之隔的這邊，卻如同天地重開一般混沌不明。
物質開始粉碎泯滅，黑暗和虛空降臨了……
等到塵埃落地，眾人再次睜眼回神，發現自己已經不在那廢墟中了。
看看周圍的一切，好像之前那兩百天經歷的，都只是一場噩夢一樣！
腦袋里好些東西糾纏在一起，好像有什么東西想不起來，又有很多記憶互相矛盾。
藤女二雄放下手中畫筆，拿起手機給自己的好友首山恥三郎打電話。
“喂，三郎啊！我剛才好像睡著了。做了一個很有意思的夢，但是我沒記住內容。”
那邊首山恥三郎回道：“巧了，剛才我也忽然來了靈感，有了好點子，要不咱倆一起花一本漫畫吧！”
“好呀！畫什么題材的？”
“生化末日的如何？”
“正合我意！”