可是綦憲后來升為東藩府憲司后，卻將這個案件再次提出來，認為阿云是無罪的。理由是阿云案當時，宋神宗的詔書尚未廢除，就是有效的，阿云就不當死。同時他也認定，司馬光廢除宋神宗詔書是合理的，因為是經過正當程序的。以后此類案件，阿云就是有罪的。
綦憲重提此案，自然又引起了一番爭論，最后他辯論贏了，名動天下。
可是這種人很得罪人，說好聽點就是剛直不阿，他連李慢侯的面子都不買。以前郡王府一些不合理的行為，他都敢派人抓人。李慢侯家的女人，幾乎都被他整治過。被整治最恨的就是李慢侯的寵妾張妙常，因為張妙常經常會攔下港口的海船，優先揀選喜歡的玩意來討好李慢侯。綦憲認為此舉不符合東藩府制定的市舶律條，擾亂了商民買賣，哪怕張妙常再三表示她是按市價買的，綦憲也不買賬。認為這些珍玩，都沒有入市，哪里來的市價。重罰了張妙常，并且不允許她以后繼續攔船強買。
他也有過派憲司衙役闖軍營抓人的行為，跟軍隊的關系鬧的也很僵，只是他的名氣是越來越大了。而且好名惡名參半，并沒有什么青天美名，因為他只認法條，不認人情，所以很多強弱分明的案件中，他支持強者，導致同情弱者的輿論對他很不滿。
李慢侯見這種人也頭大，但覺得維持法制比什么都好，因此很支持他。所以審理范溫的時候，就讓他按程序去審，可審理的結果讓李慢侯不太滿意，因為他判了范溫流放，而不是死刑。李慢侯是打算用范溫這個吃人狂魔做一個典型的，也覺得范溫死罪確鑿，不服軍令，當然要殺了。可綦憲偏偏死扣律條，認為當時不是戰時，剛好是東藩和撻懶議和，曷懶甸停戰期間，因此范溫賴在萊州，不去曷懶甸履職，不是死罪，只是流刑。
李慢侯也認了，但不久綦憲被從東藩憲司調離，再次去了府學做院判。
做院判就做院判，他倒也不抱怨，繼續一絲不茍的做著，好像一臺機器。
“綦院判！”
直到李慢侯帳下錢糧主簿王存遠找上們來。
“王主簿？你找我何事？”
“綦院判。有一件大事，我問問你，人人犯罪都可審理嗎？”
“當然！”
綦憲口氣堅定。
“那皇帝犯法，能審嗎？”
綦憲沉默了片刻。
然后繼續堅定道：“禮不可以庶人為下而不用，刑不可以大夫為上而不施。”
這是王安石說的，打破了“禮不下庶人，刑不上大夫”的傳統禮法，認為禮也可以下庶民，禮是天地的綱常，法是乾坤的準則，誰也不能例外。
皇帝也是！
王存遠喜道：“那太好了。綦院判，你跟我去江南，審皇帝去！”