生物星艦的內部空間寸土寸金，就算是全艦最重要的艦橋也不會獲得很大空間。就算是魚龍號這種擁有了可膨脹伸縮身體以及不斷蛻變無限成長潛力的特殊生物星艦，它留給操縱者的艦橋也只有八十平米，僅僅是比流馬號稍大一點的水平。
這個艦橋位于魚龍的后頸部位，上方和前方有堅硬的頭蓋骨以及龍角保護，后方是漫長的龍身。除了觀景旅游類的星艦，沒有艦橋會選擇制造難度更高、防護水準更差的玻璃幕墻模式，超厚裝甲與投影的觀測系統幾乎是唯一合理的方案。放在魚龍號身上，它本來就是狹長形態，加上內部空間擁擠，倒是給艾瑞克斯一種身處潛水艇里面的感覺。
先期制作的艦橋裝備已經由ZTFD搬運進來，一件件擺放在地上，還沒有完成安裝。墻壁、天花板和地板全都是柔質的慣性阻尼，與魚龍的頭部感知慣性的器官連接在一起，能保證內部的重力方向和慣性狀態保持穩定。在艙室內部看不到任何生物的組織器官，不管是肌肉、血管、神經、淋巴還是骨骼，都在黑色慣性阻尼裝甲板的另一側。這樣做既可以避免艦員整日看到血肉而受到精神壓力，也可以對星艦的生物組織進行保護。
柔質慣性阻尼內部為中空結構，為安裝線路預留了大量縱橫交錯的通道，每隔一段距離還會留出一個方形的標準接口。這個接口可以同時兼容數據線路、能量線路、物質通道和神經線路。其中數據和能量線路采用了地球·環盟標準，而神經線路則是來自生物星艦科技的產物，艾瑞克斯為魚龍號專門定制。
不管是地球還是環之聯盟都沒有生物星艦，這讓艾瑞克斯非常奇怪。明明有息壤球這么強的技術，元粒體又和生物體非常契合，完全可以創造出無比強大的星際生物。經過對星艦資料庫的研究，地球·環盟并不是沒有研究這條技術路線的能力，而且也沒有這方面的道德約束問題——息壤球就是生命體，如果有道德問題那就沒有息壤球了——同時地球環盟也不是嘗試過后覺得效率低下選擇放棄，而是完全沒有開展這方面的研究。
艾瑞克斯一直沒想出該如何解釋這個怪現象。
地球·環盟“缺少”的科技路線，現在由艾瑞克斯補上，主要就體現在新的標準接口上。原本接口上只有數據線路、能量通道，以及供ZTFD等微型模塊機器人通行的物質通道，現在加上了可以連接魚龍的神經接口。這個接口對應復合進化人的腦控體通訊設備，可以產生一個專門與艾瑞克斯進行連接的通訊信號。艾瑞克斯可以選擇用腦控體直接接觸進行連接，或者使用通訊中樞，然后他就可以在魚龍號內發揮自己的算力優勢。
魚龍號是生物星艦，“生物”那一部分的功能經過基因改造后已經非常不完整，需要ZTFD輔助才能完成。它可以自主調節反重力的強弱，在大氣層內穿梭飛行，以牙齒和爪子做出簡單的防御行為，基本上也就是這么多。剩下的生物功能以及全部的“星艦”部分，還是需要通過電子控制系統來完成。
在其他星艦上，這部分控制可以完全交給人工智能，因為應對機械和電子就是人工智能的本職。但是生物星艦有一半是生物，如果仍舊使用人工智能，效率會降低，故障率會大幅上升。控制生物體，還是生物最有經驗，億萬年的進化依舊穩固著自己的優勢。對于艾瑞克斯來說，使用人工智能依舊需要非常謹慎，能不用盡量不用。
他需要“研究員”來監控魚龍號的生理狀況，在它工作和成長的過程中提供持續護理，有著不可替代的作用。在原本的設計中，各個崗位的艦員也有著不可替代的作用，需要他們根據星艦的運行情況來做出各項調整，操控各個系統讓魚龍保持最佳工作狀態。
艾瑞克斯無法分身代替各個崗位上的艦員，也不想讓人工智能在星艦的系統里亂跑，于是另辟蹊徑，決定和魚龍號的生物部分并肩站立，用自己的大腦彌補它在控制能力上的缺失，同時用腦控體來進行人機融合部分的協調。簡單來說，他是把魚龍的大腦當做腦池，星艦的系統就仿佛核心艙的數據空間，他來負責居中指揮。