霍格沃茨魔法學院位于英國蘇格蘭哥特式風格的霍格沃茨城堡，它的確切位置不能確定，因為這里不可標繪。相似地，大多數魔法學校的地點都是保密的，這樣能夠保證各自的秘密不被外人知曉，同時保護學生和學校本身不會受到外來的侵害。
有魔法能力的孩子在出生時就被登記下來，他們會在11歲時收到貓頭鷹寄來的錄取通知書。
霍格沃茨學院共分為四個學院，分別是格蘭芬多、赫奇帕奇、拉文克勞和斯萊特林，四個學院皆有其代表顏色與動物。新生入學后，第一件事情就是戴上分院帽進行分院，分院帽會根據你的性格和品質來判斷你該屬于哪一個學院。
霍格沃茨是一所全日制寄宿學校，位于英國蘇格蘭的某個黑湖旁的。
城堡中。城堡外有一片寬闊的草地，還有花壇和菜園。城堡邊有一個黑湖、一片茂密的禁林、幾座溫室和其他一些附屬建筑，這里也有貓頭鷹棚屋，學生和學校擁有的貓頭鷹全部居住在這里。除此之外，還有一座標準的魁地奇球場。
霍格沃茨城堡最高的三座塔樓分別是天文塔、拉文克勞塔和格蘭芬多塔。城堡共有142處臺階，這些臺階有的又寬又大，有的又窄又小、搖搖晃晃；有的每逢星期五就通到不同的地方；有些上到半截，一個臺階會突然消失，因此，要記住在什么地方應當跳過去，另外，這里還有許多門，并且墻壁上掛有很多畫像和相片。門上畫像中的人物作為看守者，如果，你不客客氣氣地請它們打開，或者確切地捅對地方，它們是不會為你開門的；還有些門根本不是真正的門，只是一堵堵貌似門的堅固的墻壁。想要記住哪些東西在什么地方很不容易，城堡中的一切都在“不停地移動”，包括所有的樓梯臺階。前校長阿不思·鄧布利多曾說就連自己也不知道霍格沃茨城堡的所有秘密，因為這座城堡歷史悠久。
所有巫師在霍格沃茨中都無法幻影移形，他們只可以使用飛天掃帚或飛路粉，或者搭乘騎士公共汽車或幻影移形到學校附近的地點，再步行到達學校。霍格沃茨的學生開學時，需要搭乘霍格沃茨特快列車到達霍格莫德車站，新生通過仿照千年前四大創辦者劃船的方式，渡湖到達霍格沃茨，老生則乘坐夜騏拉的馬車到達學校。霍格沃茨附近被施了麻瓜驅逐咒，讓麻瓜無法接近這里。他們看不到學校的樣子，只能看見一堆破敗的廢墟，還有入口處寫著“危險，不得進入，不安全”的牌子。麻瓜的電子儀器和設備都不能在霍格沃茨使用，因為霍格沃茨周圍充滿強烈的魔法磁場，會對電子設備產生強烈的干擾，但是，無線電設備除外，因為魔法世界使用的無線電設備并不是通過電力啟動，而是靠魔法。
學生在校有優異表現或貢獻，除了能為自己的學院贏得分數外，也有可能獲得“特殊貢獻獎”。湯姆·里德爾、哈利·波特、羅恩·韋斯萊都曾獲得此獎項。相反，若觸犯校規，不但會被扣分，還有可能被關禁閉；關禁閉有很多種形式，例如：不用魔法進行清潔工作、或協助獵場看守魯伯·海格到禁林巡邏等。
霍格沃茨學院是公元990年左右創辦的。創辦者是當時最偉大的四位巫師：戈德里克·格蘭芬多、薩拉查·斯萊特林、羅伊納·拉文克勞、赫爾加·赫奇帕奇。學校的四個學院就是以他們的名字命名的。他們建立學校，遠離麻瓜們窺視的目光，因為，在當時那個年代，麻瓜們畏懼魔法，很多男女巫師都遭到迫害。他們每個人都有自己的個性，并在挑選學生時展現出來。可是，慢慢地，他們之間就有了分歧。薩拉查·斯萊特林就血統成分的問題，和另外三人發生了分歧。薩拉查·斯萊特林只希望招收純血統的學生。不久后，薩拉查·斯萊特林和戈德里克·格蘭芬多因為這個問題，發生了一次激烈的爭吵，然后薩拉查·斯萊特林便離開了學校。離校前，薩拉查·斯萊特林在城堡里建了一個密室，其他創辦者對此一無所知。薩拉查·斯萊特林封閉了密室，直到他真正的繼承人來到學校，只有那個繼承人能夠開啟密室，把里面的恐怖東西放出來，讓它“凈化”學校，清除所有不配學習魔法的人（麻瓜出身的巫師）。
在學校創辦了大約三百年之后，在歐洲三所最有名望的魔法學校之間，開始了三強爭霸賽：霍格沃茨魔法學校、布斯巴頓魔法學校和德姆斯特朗魔法學校。這比賽被認為是不同國籍的巫師相互交流切磋的最佳方式。比賽延續了六個世紀，后來，因為死亡人數太高，比賽被中斷了。
1942年，密室被湯姆·里德爾第一次打開，他是薩拉查·斯萊特林的繼承人，也是未來的伏地魔。密室打開后，一名叫桃金娘的女孩被密室中的怪物殺害，魔法部威脅關閉學校。湯姆·里德爾害怕他從此返回麻瓜孤兒院，他沒有想到要學校關閉，因此他嫁禍于三年級學生魯伯·海格和魯伯·海格養的八眼巨蜘蛛阿拉戈克，導致魯伯·海格被開除，湯姆·里德爾也因此獲得學校的特殊貢獻獎。
1991年，由于藏在古靈閣713號金庫的魔法石安全受到威脅，校長阿不思·鄧布利多將魔法石轉移到了霍格沃茨四樓靠右側走廊下方的密室里，并與其他老師一起設置了防御機關。但時任黑魔法防御術教師奎里納斯·奇洛（已成為黑巫師，并被伏地魔附身）還是突破了其他老師設置的所有防御機關，而受阻于阿不思·鄧布利多親自布下的厄里斯魔鏡前。一年級學生哈利·波特與兩個朋友羅恩·韋斯萊、赫敏·格蘭杰一起合作，穿越眾多機關。哈利·波特與奎里納斯·奇洛搏斗并守住魔法石，但自己也險些喪命。后來阿不思·鄧布利多趕到，救下哈利·波特。魔法石則按照阿不思·鄧布利多和尼可·勒梅的意愿被銷毀。
1992年，在湯姆·里德爾的日記的影響之下，金妮·韋斯萊被湯姆·里德爾的記憶迷惑，密室由金妮·韋斯萊第二次打開。密室中的怪物襲擊并石化了四名麻瓜出身的學生、格蘭芬多幽靈“差點沒頭的尼克”和啞炮管理員阿格斯·費爾奇的貓洛麗絲夫人。原來是盧修斯·馬爾福偷偷將湯姆·里德爾的日記放在她的變形術課本里，借此誣陷她的父親亞瑟·韋斯萊，使亞瑟·韋斯萊出臺的麻瓜保護法被否決。但是，哈利·波特和羅恩·韋斯萊發現了真相。哈利·波特摧毀了日記，殺死了密室中的蛇怪，還救出了被湯姆·里德爾的記憶控制進入密室的金妮·韋斯萊。而在校醫波比·龐弗雷夫人和草藥學教師波莫娜·斯普勞特教授的幫助下，所有被蛇怪石化的人、幽靈和動物都被成功救活。
1993年，由于魔法部認為小天狼星·布萊克逃出巫師監獄阿茲卡班是為了潛入霍格沃茨殺死哈利·波特，所以派遣大批攝魂怪進駐霍格沃茨，而霍格沃茨本身也加強了各種安全措施。但小天狼星·布萊克仍然潛入（因為小天狼星·布萊克是阿尼瑪格斯），并躲藏在霍格莫德的尖叫棚屋。之后哈利·波特、羅恩·韋斯萊、赫敏·格蘭杰三人同當時的黑魔法防御術教授萊姆斯·盧平（狼人）發現小天狼星·布萊克是無辜的，真正出賣了哈利·波特父母的泄密者是小矮星彼得（阿尼瑪格斯），哈利·波特等人抓住了變成老鼠斑斑的小矮星彼得，但當時恰好是月圓之夜，萊姆斯·盧平變身成為狼人，小矮星彼得乘機逃走。后來魔藥學教授西弗勒斯·斯內普蘇醒后，將哈利·波特等三人和小天狼星·布萊克運回城堡，準備將小天狼星·布萊克交給攝魂怪進行“親吻”。但是校長阿不思·鄧布利多教授相信了哈利·波特和赫敏·格蘭杰的說辭，讓兩人通過時間轉換器回到過去，救下將被處決的鷹頭馬身有翼獸巴克比克。隨后哈利·波特用呼神護衛驅逐了大批攝魂怪，救了原來的自己，又和赫敏·格蘭杰一起騎上巴克比克，救出小天狼星·布萊克，讓他騎著巴克比克逃走了。
1994年，三強爭霸賽復辦，其中加上了額外幾項安全措施，最重要的一項是年齡未滿17周歲的學生一律不得參賽。但是，小巴蒂·克勞奇利用復方湯劑偽裝成時任黑魔法防御術的教授阿拉斯托·穆迪，將真阿拉斯托·穆迪塞進了他自己的行李箱里。小巴蒂·克勞奇用混淆咒迷惑了火焰杯，將哈利·波特的名字投入火焰杯中，并使他被火焰杯選上。結果，哈利·波特成為了第四個參賽者，同時面對布斯巴頓魔法學校學生、德姆斯特朗魔法學校學生及許多霍格沃茨學生的憎惡。小巴蒂·克勞奇利用種種手段幫助哈利·波特贏得比賽，最后將三強杯變成門鑰匙，使哈利·波特和霍格沃茨另外一位勇士塞德里克·迪戈里一觸摸獎杯就被送到伏地魔手上。塞德里克·迪戈里慘遭小矮星彼得的殺害，而伏地魔成功利用哈利·波特的血液制成特殊魔藥重新恢復肉身。經過一番惡斗后，哈利·波特把塞德里克·迪戈里的遺體帶回霍格沃茨學校，小巴蒂·克勞奇見狀，意圖殺害哈利·波特，結果被阿不思·鄧布利多擊昏。哈利·波特的陳述和小巴蒂·克勞奇的供詞使阿不思·鄧布利多知曉了伏地魔成功恢復肉身的消息，但魔法部長康奈利·福吉卻拒絕相信，導致阿不思·鄧布利多和康奈利·福吉決裂。
1995年，魔法部開始詆毀、抹黑阿不思·鄧布利多。多洛雷斯·烏姆里奇，新任黑魔法防御術教師，是這個計劃的中心。按照魔法部的指令，多洛雷斯·烏姆里奇在黑魔法防御術教學中，拒絕向學生教授防御符咒的內容，同時蓄意懲罰哈利·波特。在赫敏·格蘭杰的謀劃下，哈利·波特成立了鄧布利多軍（簡稱D.A.），帶領一些學生學習被魔法部禁止學生學習的防御符咒。在一連串的教育令之下，多洛雷斯·烏姆里奇出任霍格沃茨高級調查官，慢慢地接管了霍格沃茨學校的各項事務。由于D.A.內部成員的背叛，多洛雷斯·烏姆里奇抓住了D.A.的領頭人哈利·波特，阿不思·鄧布利多替哈利·波特攬下罪責并逃離霍格沃茨。魔法部通緝阿不思·鄧布利多，并由多洛雷斯·烏姆里奇替換阿不思·鄧布利多成為校長（但未被學校承認，導致多洛雷斯·烏姆里奇無法進入校長辦公室）。之后，她在禁林被馬人攻擊并虜獲。神秘事務司之戰后，魔法部長康奈利·福吉接受伏地魔回來了的事實，多洛雷斯·烏姆里奇被停職，阿不思·鄧布利多重任校長。
1996年，魔法界的形勢十分嚴峻，伏地魔麾下的食死徒公開進行活動，謀殺、失蹤和破壞時常發生。幾名食死徒在霍格沃茨六年級學生德拉科·馬爾福的安排下進入了學校，攻擊了學生和老師。校長阿不思·鄧布利多被西弗勒斯·斯內普殺死（西弗勒斯·斯內普是遵照了阿不思·鄧布利多的指令）。出于安全的原因，學校面臨著被關閉的危險。
1997年，西弗勒斯·斯內普按照伏地魔的指令成為校長，學校繼續上課。
不管學校董事會后來作出了什么決定，由于伏地魔接管了魔法部，因此所有少年巫師都必須進入霍格沃茨學習。同時，學校要求學生提供血統證明，表明他們已向魔法部證明自己的巫師血統，才能獲準入學。這樣，伏地魔就能把所有的巫師從小就置于他的監視之下，同時清除麻瓜出身者，包括那些在收到通知前并不知道自己是巫師的十一歲的孩子。他們可能永遠也見不到霍格沃茨，甚至永遠也見不到自己的家人。
麻瓜研究變成了必修課程，主要講述麻瓜們如何卑鄙惡劣。而黑魔法防御術則變成**裸的黑魔法課，要求學生學習使用非法的詛咒。西弗勒斯·斯內普被任命為校長，而阿萊克托和阿米庫斯·卡羅則分別成為麻瓜研究和黑魔法課的教師，同時也成為斯內普的副校長。這是一段及其恐怖的時期，沒有人有把握說誰是朋友，而誰又是敵人。黑魔法防御術教師由阿米庫斯·卡羅接任，麻瓜研究教師則由阿萊克托·卡羅接任（兩人均為伏地魔指定的食死徒）。哈利·波特、羅恩·韋斯萊、赫敏·格蘭杰三人逃學去尋找并摧毀伏地魔的魂器。后來，哈利·波特回到霍格沃茨，尋找并摧毀剩余魂器，伏地魔得知后，率全部食死徒和巨人趕來，哈利·波特率教師、學生、鳳凰社、鄧布利多軍等奮起抵抗，1998年5月，霍格沃茨保衛戰爆發。西弗勒斯·斯內普因老魔杖的歸屬問題，遭到伏地魔殺害（西弗勒斯·斯內普其實是鳳凰社的間諜，為阿不思·鄧布利多效力，但伏地魔并不知道這一點），哈利·波特摧毀了全部魂器，在最后決斗中殺死伏地魔，帶領眾人取得霍格沃茨保衛戰的勝利。