其實漫畫中與動畫中，都沒有提到過千手一族消失的原因。
并且千手一族的消失，也不是一個驟然的過程，而是從千手扉間時代到猿飛日斬時代末這一個時間段內發生的事情
但是在TV原創劇情，卡卡西暗部篇571集《柱間細胞》的時候，曾經描述這樣的劇情。
（雖說原創里很多地方都很扯，但是我認為這一段有一丟丟的道理。）
柱間當年用木遁壓制了九尾，木葉也因此有了九尾的人柱力，但是柱間死后，木遁后繼無人。
也就是說木葉村能壓制尾獸的也只有了萬花筒寫輪眼僅僅這一種方法了。【記住是壓制，而漩渦一族的方法是封印，】
木葉曾開始過一段時間傾全村之力的，對柱間細胞的研究，想讓木葉再出現一個木遁忍者，但是無奈最后都失敗死亡了，只剩下團藏和天藏大和這兩個不被大家知曉的人。
于是，這個計劃也只能宣告破產并被封印。
其實在漫畫里（以及動畫里）的劇情里我們可以看出，在三代火影即位之后，木葉村和宇智波一族的關系其實一直并不是十分融洽。
與二代火影仇視宇智波一族的做法有所不同的是，三代是一個容易被他人左右的老好人，而三代身邊還有團藏以及水戶門炎、轉寢小春三個決策者，這三個決策者對宇智波的態度都是不信任與提防的
所以，獨留寫輪眼這一種壓制尾獸的辦法對木葉高層而言必然是行不通的，柱間細胞木遁的研究必然要進行。
而最適合作為實驗對象的，極有可能就是千手柱間的同族們，因為同族的在血緣性上可能更加親和柱間細胞，同源之下更有可能覺醒。
所以我推測，千手一族的大多優秀壯年，有一大部分都身先士卒死在了這個實驗之中
除此之外，就是戰爭。
三代火影上任期間，忍界發生了第二次忍界大戰與第三次忍界大戰，并在此時，包括初代火影千手柱間的孫子孫女繩樹和綱手，都加入了戰場，其中繩樹不幸陣亡（年僅12歲）
另外，我看見有網友說千手一族放棄名聲，直接融入平民。
且不說漫畫里壓根沒提過，我們用最簡單思維動動腦子，作為壓制宇智波的最為一個大的家族，家族里怎么樣也得有個千八百人吧。
假設，這千八百人都和外族乃至平民聯姻，那他們的姓氏不可能這么快就消失。
從木葉建成到三代在木葉48年那會，頂了天就六十年不到，哪怕按戰國時期人均三十歲的數據來算，也就算兩代至多三代人，總不可能千手一族到了和平時期兩代人生的全是閨女吧？
更何況，如果那么多千手一族的血脈還有延續，那他們家的聲名怎么一點都不見呢？
木葉60年，中忍考試時，那么多觀眾期待佐助，就是因為他姓宇智波，怎么連個提千手的都沒有？
到了疾風傳，千代婆婆講述如何應對寫輪眼，從側面反映出各國對宇智波的重視；
而千手呢，很長一段時間，連提都沒人提；
他們不要姓氏了啊！，連一族的歷史和榮耀都不要了嗎？