為了全力對付花剌子模，成吉思汗經過慎重考慮，馬上任命厚重沉穩的木華黎將軍為國王，毅然將對金作戰的大權，全部移交了。
不過，他要經過長途奔襲，才能攻花剌子模，其實心里也沒底，于是將蒙古國的精銳，悉數帶走了。
蒙古人攻下中都后，阿里不對金國非常失望，便勸邊防將軍帶著乣軍，投降了早己認識的成吉思汗。成吉思汗留下了一萬五千人的乣軍，并讓阿里不協助木華黎將軍，繼續征伐中原。
這時的乣軍，主要由契丹人、漢人、高麗人、女真人和弘吉剌人等組成，但成吉思汗知人善任，相信富有謀略，文武雙全的木華黎，是不會辜負自己的。
木華黎后面的累累戰果，也足以說明，成吉思汗沒有看錯人。
在攻花剌子模之前，成吉思汗按照一貫小心謹慎的風格，進行了充分準備，并讓大將哲別帶兩萬人馬，先去攻打橫亙在蒙古國與花剌子模之間的西遼國，以打通交通運輸線。
接下來，他又通知附屬國至少出兵五千，跟著蒙古大軍一起出征，除了西夏跟著征伐了好幾年金國，已不堪其煩，不答應出兵以外，其它附屬國，都派出了軍隊。
他還找來沙吾提了解情況，沙吾提做生意時，多次去過花剌子模，對那里的情況非常了解。
成吉思汗拿出地圖，讓沙吾提根據打探來的情報，將花剌子模的地形、城池和軍隊分布等情況，給自己和各位將軍講了一遍，然后才開始探討作戰部署。
拿出了作戰方案，他想了當年跟著忽魯打獵時，那五只窩子犬，于是叫來了四個兒子：“上次，你們額吉講了鷹和狐貍的故事，還沒有忘記吧。應該知道，蒙古本土東邊的領地，早已分給了你們的叔叔哈撒兒、別勒古臺、合赤溫和帖木格。斡難河和克魯倫河之間的蒙古本土，按照我們蒙古人守灶的傳統，是留給拖雷的。”
他神色嚴峻地看著術赤、察合臺和窩闊臺，“現在，你們開疆拓土的機會也來了，這次誰攻下的城池多，到時候得到的封地也多，明白了沒有。”
三個兒子聽了，立即摩拳擦掌，準備大干一場。
這種善于調動大家積極性的做法，也成就了成吉思汗一生的輝煌。
聽說花剌子模也是以平原和荒漠為主，成吉思汗還吩咐哈撒兒，從興安嶺北面的老林子中，找來了十個盲骨子。
為了有備無患，他讓哈撒兒找盲骨子時，還收集了很多牛皮袋曬干的木耳回來，準備帶到花剌子模使用。
曬干了的木耳，泡了水之后，膨脹得很大，在急行軍時，可以喂馬不說，人也可以吃，是一種非常方便的人畜皆宜的干糧。
征集大軍的同時，他還親自帶著人，從金國的百萬匹戰馬中，選出了三十萬匹騍馬，其中有三萬鐵蹄馬，然后又讓人從燕然山的育馬場，選出了十五萬匹騍馬，其中有兩萬鐵蹄馬。
除了鐵蹄馬，他選的馬主要還是蒙古馬，這種馬其貌不揚，卻耐寒吃苦，在近距離交戰時又不驚不乍，遠非一般戰馬能比的。