聽說城堡內的守軍不多，成吉思汗并沒有放在心上，卻沒有想到，在守軍的頑強抵抗下，蒙古人死傷了不少。
他一氣之下，只得像攻外城一樣，開始動用拋石器和噴火筒，將四百多守軍幾乎殺光時，才攻下了內堡。
攻城時付出了代價，睚眥必報的成吉思汗，開始進行報復了。
他親自帶著人，進入不花剌城最大的清真寺，讓士兵將寺內的木箱和里面的《古蘭經》，全部搬到廣場上，先讓馬踐踩倒在地上的經書，接著讓城里的貴族和官員搬來草料，倒在原本裝經文的木箱內，作為喂馬的食槽。
那些教經文的教長，則被集中在廣場上，站在木箱旁邊，負責看守蒙古大軍的戰馬，直至馬吃飽為止。
同一時間，他們還將城內的歌姬，都集中在廣場上唱歌跳舞，一群蒙古將軍卻拿著裝酒的牛皮囊，公然在這些***教徒面前，一邊欣賞歌舞，一邊飲酒作樂。
如此做法，無疑是公開地對***教進行褻瀆，然而在蒙古大軍的暴力和屠殺之下，不花剌城的***教徒，也只能是敢怒而不敢言。
耶律楚材也在現場，見成吉思汗為了報復，什么惡毒的方法都用出來了，更是不敢上前勸諫。
接下來，成吉思汗將全城的居民都驅逐出城，蒙古大軍開始挨家挨戶地搜刮財物，很快就將城內值錢的東西洗劫一空。
搶完了財物，士兵來到了城外的居民面前，先將其中的工匠和手工藝人選了出來，充到軍中備用。
選完工匠和手工藝人，蒙古人又開始挑選長得好看的婦女和兒童，一旦遭到反抗，就當場將這家人全部殺死。
一時間，城外哭聲震天，不幸的花剌子模人在生死離別之中哀嚎，這也是不花剌城歷史上，最黑暗的一天。
搶完人和財物，成吉思汗讓大軍在城內放起了火，由于是用木料和粘土構筑而成，不花剌城很快就變成了一片火海，最后只剩下一片廢墟。
接下來，蒙古大軍帶著人和財物走了，不花剌城的居民，卻無家可歸了。
成吉思汗穿越紅沙漠，并順利攻下不花剌城時，察合臺和窩闊臺花了五個月的時間，犧牲了無數的蒙古人，才攻下了準備充分，糧草儲備豐富的訛答剌城，抓住了當年殺死蒙古商隊的守城將領海兒汗。
為了報復，蒙古大軍殺死了工匠以外的男人，并將整個城拆毀，夷為平地，曾經繁華的訛答剌城，也變成了人間地獄。