神樹屠戮宮主族人，唯獨留下了部分忠于宮主的奴仆。
但眼下神樹暴動，召喚儀式沒有完成，失去能量的世界瀕臨崩潰，最后的族人只得乘上化作‘諾亞方舟’的神樹前往新世界。
那是一場浩劫，人類文明迎來了神樹的降臨，以及被他們稱作‘靈能’的查克拉和神樹之上的‘宮主’等仙族。
神樹妄圖幫助宮主統御整個世界，但卻遭遇到了前所未有的抵抗。
而剩余的‘族人’看準時機掀起反叛的大旗，釋放了神樹的力量將其化為災厄巨獸。
一尾守鶴、三尾磯撫、六尾犀犬、八尾牛鬼。
得知了昔日神樹的罪行，不甘受其掌控的他們心甘情愿地臣服于反叛者首領‘天者’，并幫助他對抗失去大半神力的神樹及遭受重創的人類。
“區區螻蟻，也敢與我抗衡！”
為了獲得更多的生存空間用于與宮主對峙，天者與人類爆發了激烈的沖突，并一度憑借尾獸的力量將幼年的人類文明熄滅，同時天者的日益壯大也讓神樹感覺到了危機。
但同樣，危機當前，它也在與人類的接觸之中學會了何為思考，何為謀略。
而現在的神樹固然能夠將天者或是人類一方清除，可那之后，任何一方都能夠與元氣大傷的它抗衡，想要統御整個世界，便必須將其一網打盡，所以…
“天者為神族的叛變者，而我們，將成為你們的守護神。”
利用天真善良的‘宮主’，神樹說出了這句話，并通過一場戰役中九尾從三尾手中救下的白氏一族與人類建立了聯系的橋梁。
狐月仙宮、地縛仙宮、嘯月仙宮、千絲仙宮。
九尾九喇嘛、五尾穆王、二尾又旅、七尾重明。
所謂的災厄巨獸搖身一變成為了守護人類的仙宮神獸，傳授他們使用查克拉的技巧，挑選其中的優秀存在升格仙族為己所用。
前線之上，天者與人類拼殺愈演愈烈，雙方損耗巨大，唯獨宮主的實力愈加壯大，這也讓天者認清了，眼前的螻蟻并不如他想象的那般簡單，但到此已經太遲了。
大戰一觸即發，通過仙宮獲得力量的萬千人類靈能者包圍了天者的葬沙窟，天者所剩不多的族人在這一戰中被徹底覆滅，只有最后不得已吸收尾獸與宮主對敵。
傳說中那是一場勢均力敵的大戰，然而事實上卻是單方面的屠殺。
縱使天者擁有四只尾獸，縱使宮主已經將體內的尾獸散去，但來自家族的血脈壓制讓她足以輕松控制對方，并吸收他的力量發動最后的無限月讀，不過她萬萬沒有想到。
情感！
神樹第一次感受到了這種存在的恐怖。
原本只是一場戲劇，可在看到戰爭勝利之后人類為她的歡呼，她竟差點真的認為自己是這個世界的守護神，同樣的情感也蒙蔽了宮主甚至仙宮神獸。
朝夕相處之中，已經被磨滅感情的宮主感受到了保護他人后被他人歌頌、簇擁、關心、守護的溫暖，也便不會任由神樹控制自己，所以在將要發動無限月讀之時。
“不！”
第一次被自己的主人拒絕，神樹錯愕不已。
講道理這不過是‘謀略’的一環，一定是人類用了幻術在自己不知情的情況下蒙蔽了自己的主人。
但出人預料的是，不光是宮主，從她體內分離出的尾獸竟然也不再愿意回到她的體內，顯然明白自由可貴的同時，他們也想要守護這個世界。
“都瘋了！”
暴躁地吼出這一句，神樹決定強行利用宮主發動無限月讀，但是…
“不想再成為工具…”