團藏威脅，如果不繼續為根效力，去別的國家充當臥底，那么將不再給孤兒院提供資金，野乃宇無可奈何，只能繼續替根效力（兜在同一時期也加入了根），但之后由于團藏不再信任他們，便安排野乃宇和兜自相殘殺，由于團藏在中途更換了兜的照片，導致只能靠照片來了解兜的成長的野乃宇認不清殺害自己的人是兜，并在臨死前連續兩次對兜說出“你是誰”，這也是兜陷入黑暗的重要原因之一。
而最讓兜深受打擊的事情就是，這個自己最珍視的人，自己無時無刻都在思念的人，竟然對自己絲毫沒有了印象。
起初兜還以為是自己打掉了野乃宇的眼鏡，她看不清自己，所以認不出來。但是當兜把自己的眼鏡給她戴上時，野乃宇還是說了同樣的話。
一句“你是誰”，深深刺痛了兜幼小的心靈。
這里兜在動作上有一個變化，起初他是竭盡所能想要替野乃宇治療的，可是當野乃宇這一句你是誰問出口時，兜不由自主的停止了治療。
后來事情的緣由被大蛇丸揭露了，野乃宇和兜均是強大的諜報忍者，身上掌握了諸多情報，木葉或者說團藏為了鏟除他們，便對野乃宇進行了幻術迷惑，致使她認不出兜，以達到讓他們自相殘殺的目的，但野乃宇應該還是很關心兜的，從隨身攜帶著藥師兜的照片這一點可以看出來。
所以藥師野乃宇又重新成為了藥師兜心目當中唯一的牽絆和唯一的光源。
兜之所以肆無忌憚，伙同宇智波帶土發動第四次世界大戰，沒有絲毫顧忌地從凈土到處召喚強者靈魂降臨世間，以瘋狂的滅世舉動來驗證這個世界的真理，來尋找自己存在的意義，其根本原因，就是因為失去了這個世界上他唯一在乎的人。
原本大蛇丸讓他不再茫然，一心跟著大蛇丸研究禁術，按照大蛇丸的命令做任何事情，看看未來會是什么樣子的。
可是大蛇丸卻在拿佐助的身體當容器，進行不尸轉生的時候，反而被佐助給吞噬了。
所以藥師兜又重新變得茫然了。
他現在有兩個目標：
第一，殺死宇智波佐助，為大蛇丸報仇。
第二，沿著大蛇丸的道路走下去，把人體禁術開發到極限，比如細胞融合和，成就最完美生命體；比如穢土轉生，要成就最完美的穢土轉生，然后把這一份完美的力量展現在忍界，讓所有人都感受到穢土轉生的偉大力量，這是藥師兜所認定的，能夠證明自己存在意義的方法。
“我會想辦法，與木葉的團藏見一面。”
人道佩恩目光炯炯道：
“當年的藥師野乃宇的尸體，是他的根部處理的，他們應該會有記錄。”
“如果已經焚燒或酸毀腐化掉，那就沒有辦法了，但如果是埋在了某個地方，即便是這么多年過去，腐化得只剩下了骨頭，也可以從中提取DNA……兜，剩下的，就不用我多說了吧！”
藥師兜已經控制不住渾身顫抖了起來，他的嘴唇哆嗦著，陰森的蛇瞳當中，竟然閃出了淚光，好半天，他的情緒才平復下來，他的雙手摁在一張桌子上，轉頭看著人道佩恩，一字一句道：
“十天時間，我讓你的本體徹底成功融合柱間細胞。”
“如果選擇相信我，現在開始，讓你的本體過來，馬上開始人體植入試驗，這個實驗室由我全權接手。”
“不行！”小南當即拒絕，神色嚴厲道：
“你的忠誠度，尚未得到考驗，你竟然想直接在長門身上進行試驗，這簡直是……”
“我答應你。”人道佩恩聲音堅定道。
“長門！”
“小南，我知道自己在做什么。”
人道佩恩的輪回眼，幽幽發亮：