木葉32年~37年，忍界各個國家間的經濟差距加大，以《加大公平的特權》為由，各國的武斗派勢力紛紛抬頭。推行以武力來擴大領土的政策，凄慘的第二次忍界大戰開始了，木葉，云隱，沙隱三大忍村在雨之國激戰，最終木葉勝利，戰爭意味著死亡，死亡也意味著仇恨的開端，仇恨終究導致更大的戰爭，可惜最終木葉戰局優勢，但因為沒有辦法戰勝雨隱村首領“山椒魚半藏”，卻也難以稱之為勝利。
到了第二年，戰爭轉入局部式戰斗，火之國突入了風之國的境內，雷之國突入土之國的境內。就在這一年，由于傷亡人數的加大以及各國物資消耗過大等情況，第二次忍界大戰結束，當然了，這次戰爭只是表面上是結束了，但是各大忍村私底下卻是頻繁出手試探，若是私下試探的人被抓住，皆被各大國冠以不聽命令，私自出動的名號放棄了，所以表面上忍界得到了和平，但是大忍村的較量卻從來沒有停止過。
當然，這一次大戰雖然也是殘酷的，卻也涌現了許許多多優秀的忍者，也發生了許多大事。
來自木葉村的自來也、大蛇丸、綱手三人大戰雨隱村的半神“山椒魚”半藏，得到半藏賜名“木葉的三忍”，木葉三忍揚名忍界，開啟了各自傳奇的一生！
自來也在戰場之上發現并收留了“彌彥”“長門”“小楠”三人，而且在這一過程中，意外發現了長門的“輪回眼”，導致自來也留下來教導三人，企圖以自己所謂的“愛”感化三人，使得長門善用輪回眼，造福忍界。
旗木朔茂在戰場上殺死了千代婆婆的兒子和兒媳，兩人皆是砂隱村強大的精英忍者，除此之外，更是有大量上忍死于旗木茂塑手中，“木葉白牙”旗木茂塑聞名天下，成為了忍界公認的強者。
砂隱村的忍者在戰場上使用了千代婆婆的毒藥，使得其它忍村得傷亡增大，眾人無奈之際，木葉村初代火影的孫女千手綱手，利用自身強大的醫療忍術，成功破解了千代婆婆的毒藥，使得木葉傷亡大大減少，也使得千手綱手的醫療忍術在戰場上大放異彩，成名忍界。
有著忍界之神的初代火影千手柱間，他的孫子，千手繩樹在戰場上，因為誤入爆炸符坑，被炸死在了戰場之上，因為其血脈的特殊性，各國覬覦木遁的血脈，當木葉的忍者發現千手繩樹的尸體時，他的內臟早已經被全部被掏空了，千手柱間這一脈的嫡系血脈遭到了滅殺。
木葉村擁有特殊忍術的加藤斷，在戰場之上重傷致死，加藤斷乃是千手綱手的戀人，千手綱手趕來也沒有能夠救的回來，只能眼睜睜看著加藤斷死去，加藤斷的“靈化之術”能將自己靈化成活的靈魂，無視距離穿梭并殺害敵人，可以控制對方身體和進入他人精神世界，斷憑借此術擊敗了很多強大的忍者。
然而，也就是在這次大戰中，各國忍村的高層們發現了一個可怕的事實，那就是“血繼限界”在這場戰爭中發揮了可怕的作用，大戰中出現了許多特別的忍術，這些忍術在戰場之上威力驚人，各國大量的戰力被血繼限界在戰場上毀滅，這也導致了五大國對血繼的忌憚，使得各國想要將這種力量抓在手中，若是不能抓在手中，便只能毀滅，所以各國高層做出了決定，派出自己國的忍村，對擁有血繼限界的家族進行收編，不能收編的話便直接滅殺，決心讓血繼限界得到掌控，而各國不約而同間所展開的計劃，稱之為“血繼限界清除計劃”。
所謂的血繼限界，忍界之中已知的查克拉的性質變化分為：火、風、雷、土、水。
當兩種查克拉性質變化同時混合使用就會產生新的遁術，稱之為“血繼限界”，通常只有極少數的忍者可以自己開發出這種新的遁術，然而一旦成功了的話，這種新的遁術就會被忍者的基因記錄下來，通過血緣關系傳給自己的下一代，當然這是多數的情況嚇得血繼限界。
還有另外一種情況，某些忍者身體的某個器官異于常人，所以獲得了特殊的能力，這種情況也屬于血繼限界，例如宇智波一族的寫輪眼、日向一族的白眼、輝夜一族的尸骨脈，當然，由于這一類得血繼比較特殊，所以容易引起忍者村的打壓和收編。
當然，通過混合不同屬性的查克拉形成血繼限界是很難出現的，因為每一個人類出生后，自身的查克拉屬性便固定了下來，大部分人的查克拉屬性天生只有一種，忍者可以通過反復修煉習得其它屬性得查克拉，兩種查克拉混合，因為其屬性不同，且具備一定得不兼容性，所以混合查克拉時容易發生爆炸，出現傷亡，當然，這個世界上并不缺少天才，把兩種查克拉混合稱之為血繼限界，然而土之國的二代土影卻將三種查克拉成功混合，創造了“血繼淘汰”。
這些血繼限界在戰場上卻是發揮了巨大的作用，所以各大忍村希望將這些力量都掌握在自己的手中，若是不能掌握在自己的手中，也要將這些血繼限界付之一炬，以免日后在戰爭之中威脅到各自的村子。
忍界經過發展，除了五大國的五大忍村之外，其中亦是有著許許多多的小型忍村，許許多多的血繼限界，這些忍村要么就是依附于五大國的忍村以求生存，要么就是躲藏在暗處，以求不被五大國的忍村發現，導致帶來災禍。
然而經過五大忍村多年的搜索打探，還是將絕大多數小忍村收編，滅殺，其中逃出生天者，十不存一。
在這次血繼限界清除計劃中，被滅殺和收編的血繼限界不計其數，五大國再次向世人展示了自身的武力，然而，這次計劃其中的殺戮所帶來的仇恨，卻也為忍界埋下了無盡的禍根，當這些禍根爆發之時，必將掀起滔天巨浪。