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這奏報提醒了朱翊鈞，必須將牛痘在帝國的普及提上日程。他知道天花是人類消滅的唯一一個傳染病，也知道其疫苗來源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的膿液來種痘，是否可行。
于是他將傅思川從寧國府召入京師，指導一番后，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法來源于其祖上，自己并無科研能力，用擺弄人痘的方法來從事牛痘的藏苗和貯苗，無一成功。
此時，朱翊鈞又想起了李時珍，即下令錦衣衛湖廣局尋找他，并讓他進京——但因為湖廣局開始時沒跟李時珍說清楚，到了八月底李時珍才進京接了這個任務。
比李時珍提前進京的，還有“醫圣”萬全萬密齋、精通外科的陳實功等多名此時已經名顯當世的醫學大家。
萬全雖此時已經年逾古稀，但在皇帝諭旨召喚之下，還是將包括《內科要訣》、《幼科發揮》、《育嬰秘訣》在內的《萬密齋醫書十種》包在行李內，和六個徒弟一起帶到了京城。
因為名顯天下，萬密齋一進京，滿京城轟動。這勛貴重臣之家，險些把帖子和禮物堆滿了萬全賃居的宅子。因為這老頭醫德高尚，“視人之子如己之子”，不會拒絕人，這請他去看病的從第一天開始就排到了兩個月之后。
朱翊鈞見不是頭，怕他累著了，連忙派人將他請進宮，又如同菩薩一樣供奉在太醫院。這太醫院的諸位太醫見萬密齋來了，連爭勝的念頭都沒有，個個扁扁的服，把老爺子哄得日日開心，一點都不水土不服。
讓萬密齋給兩宮太后和自己檢查了身體，并上了一堂養生課之后。朱翊鈞正式召見萬密齋、陳實功等人，將自己的目的和盤托出——要趁著此際手頭寬裕的機會，重立太祖初期設立的醫學提舉司，并設立明代第一個真正意義上的大學——京師醫學院。
按照后世的醫學院產學研一體的辦學模式，此醫學院也仿照南苑武學院建制，首任山長即為萬全萬密齋。朱翊鈞在西苑西北角里面砌了一道宮墻，再把原來的宮墻上開了一個大門，即把已經荒廢掉的小校場從西苑割了出去，作為醫學院的校址。
同時，朱翊鈞還在新砌的宮墻上開了個小門，作為醫學院的后門。如此一來，此后他若身體有恙，打開這小門就能立即組織大規模會診。盡管這可能讓太醫院的太醫們感到心里不太舒服，但已經當了快兩年皇帝的朱翊鈞，此時哪里能照顧到他們的想法。
醫學院的設立，從體制到機制和后世的大學并無不同。在朱翊鈞和萬密齋等人交流之后，醫學院將設立醫學系、護理系、藥學系等大系，下設內科學、外科學、婦科學、兒科學、傳染病學、藥學、病理學等專科。
南苑武學院建立時，朝廷尚有些雜音不同，這京師醫學院的設立，滿朝廷全是稱頌之聲。朱翊鈞在領教了言官的馳名雙標之余，當然也要撩閑刺激他們一下，經過與陳實功商量，在醫學院內還設立解剖學——從事人體解剖研究。
讓朱翊鈞更沒想到的是，這在京師百姓中引出好多版本恐怖故事的新學科，卻仍未引起御史、言官的任何反彈。
朱翊鈞這才知道，這些所謂“秉正道而行，養浩然之氣”的老兄們，在涉及到他們自身生命安全的事情上，馳名雙標早已突破了大明朝的天際。