至此劉海也無可奈何，只能命令兩個相軍師，分別向丹陽和蕪湖前進，但是在這出兵之前，劉海又像兩支部隊的領導人發出了命令，讓他們的了地方上不可開槍，只能用木棒驅散群眾。
等到這兩支部隊到達丹陽和蕪湖之后，按照劉海的命令開始隔絕群眾和各領事館和教堂，然后鳴槍示警，同時使用木棒驅散群眾。
這些老百姓一見朝廷這一回動的真格，其實他們心中也是害怕，除了一些領頭的之外，其他的人就偷偷的回家了。
于是這兩地的洶涌的民情，便迅速的平息，而局勢也恢復了平靜。
不過朝廷對于這兩次動亂并不打算就這么放棄，當即就連續下旨兩江總督劉坤一，讓他立刻派能員前去調查，同時嚴懲在這次民變中的頭領。
劉坤一接到朝廷的命令，立刻就派鎮江知府王仁堪來到丹陽調查。
說到這里，咱們要說一句，當時的丹陽知縣乃是赫赫有名的金庸先生的祖父——查文清。
查文清和王仁堪到墓地看的時候，兒童慘狀不忍直視。橫在他們身上就有兩難選擇：鄰縣已經抓捕了燒教堂的人，自己也面對著朝廷方面的壓力。但百姓此舉都是正義之舉，抓了燒教堂的百姓于心不忍。
于是這兩個人就進行了串通，秘密的將那些已經被抓獲的丹陽百姓偷偷的放走。
這兩人辦的這些事情很快就被英法探知，他們知道之后勃然大怒，立刻就向兩江總督劉坤一提出抗議。
劉坤一現在能怎么辦？只能是息事寧人，立刻就發令將這二人革職查辦。
同時為了平息列強的憤怒，將在蕪湖教案中，圍攻英國領事館的兩位帶頭人王光全、傅有順，全部處死已作交待。
緊接著又處罰了所在地區的知縣，同時動用番庫的銀兩，白銀24萬余兩，這才平息了列強的憤怒。
劉坤一因為這件事在朝廷和民間的威望大損，朝廷認為他辦事不力，才讓民變四起，而民間認為他為了討好洋人，竟然濫殺無辜。
劉坤一剛剛上任兩江總督，幾個月就碰上了這樣的事情，馬上就把他原先那一股熱情澆的透心涼。
不過劉坤一畢竟是老于世故，馬上就調整了心情，開始穩定兩江地區的事務，再加上他在湘軍之中名望甚高，而劉海又是他的親侄子，因此他對于兩江地區的控制還算是穩定。
而對于劉坤一竟然能在這種事情上安然無恙，最為惱怒的應該就算是直隸總督李鴻章了。
原來這李鴻章和劉坤一簡直就是生死對頭，兩人當年因為上海縣的事情就鬧得不可開交，雖然最后李鴻章竟然發了狠，幾次彈劾劉坤一。
到了最后連慈禧太后都有些招架不住了，最后幸虧劉坤一母親病逝，這才讓朝廷有了借口，讓劉坤一回鄉丁憂，不然的話這兩個一南一北還不知道鬧成什么樣呢。