時間回到一個月前，由于布魯斯·班納的不小心，將一滴血滴入了飲料瓶中，暴露了他的位置。使得羅斯將軍找到了他的位置，派遣一對以埃米爾·布朗斯基為首的特種兵前來抓捕他，雖然被正要趕去紐約治療的班納提前發現，但是最后班納還是沒有能夠逃脫，因為被一群小混混耽誤了時間。
不得已，班納化身為綠巨人，將小混混通通殺掉，和前來抓捕他的士兵小隊戰斗了起來，輕松的干掉了特種兵小隊，特種兵小隊的槍械對浩克完全沒有效果。浩克逃了出去，士兵小隊也只剩下埃米爾一個人。
班納身為物理學博士，有七種博士證書的人，一次意外受到伽馬射線的照射，變成了名為浩克的綠色怪物，它充滿憤怒，越是憤怒力量就越是強大。羅斯將軍一直致力于超級士兵的研究，他發現了浩克，想要拿它做實驗，研究出強大的超級士兵。
他追逐浩克，抓捕他，可是每一次都沒能如愿，都會被浩克逃走。這次班納找到治愈變身浩克的病，他是要潛回紐約尋找化名藍先生的塞謬爾·史登博士，到紐約卻意外的被他的前女朋友貝蒂·羅斯發現，貝蒂·羅斯是羅斯將軍的女兒，班納自然而然的被羅斯將軍發現了行蹤，在大學城被羅斯圍住了。
大學城不遠是娜塔莎和鷹眼在監視，上次弗瑞就是發現了老人喝了沾有浩克血液的飲料變的發狂，弗瑞才調娜塔莎去調查，這次他們跟蹤班納一直到大學城。由于軍方和神盾局互不統屬，他們也只是接到監視的命令。而弗瑞正在和羅斯將軍進行交涉。
“將軍，聽說你那里出了點麻煩，需不需要我來幫忙。”弗瑞還是那張面無表情的臉。
“不用了，弗瑞，浩克是我們的，我會處理好一切事情的。”羅斯拒絕了弗瑞幫忙的決定，他知道，如果讓弗瑞幫忙，浩克就不再歸軍方所有了。
由于羅斯將軍的拒絕，神盾局沒能介入，劇情還是按照原來的走，最后因為大雨的關系，還是被浩克帶著貝蒂逃走了。班納是來紐約找藍先生治愈浩克的，他并沒有走遠，而是在第二天又返回了紐約。班納要去格邦學院去找藍先生。班納給藍先生所發的信息被神盾局后勤部發現，又被羅斯將軍所知曉。
在班納找到藍先生的時候，身為兵王的埃米爾完成了羅斯將軍的超級士兵藥劑注射，并且跟隨軍隊向著格邦學院而來，目標就是正在想辦法除去浩克的班納博士，而弗瑞也派來了娜塔莎和鷹眼跟隨著軍隊向著學院而來。
羅斯將軍到來的時候，浩克已經被藍先生的藥劑壓制在班納體內，藍先生向班納介紹了自己對浩克血清的研究，班納堅持讓藍先生銷毀一切實驗物品，可惜未能如愿，就被軍隊抓獲。
而埃米爾·布朗斯基想要浩克般的力量，他強制藍博士為自己注射綠巨人血清，但是注射綠巨人血清的埃米爾并沒有變成綠巨人，他變成了狂暴的黃色巨人憎惡，憎惡在街上大肆破壞，羅斯將軍的軍隊被殺的七零八落。
弗瑞了解到了情況，另娜塔莎和鷹眼出手對付憎惡，并且聯系到托尼，希望他能夠出手。托尼沒有猶豫，當即穿上戰衣向著戰場飛了過來。而娜塔莎已經和憎惡大戰在一起，娜塔莎雖然吃下強身丹，但是其程度也只相當于筑基三四層的人，完全不是憎惡的對手，全靠著靈活的身軀在周旋。
但是憎惡之前也是兵王，娜塔莎的周旋對它沒太大的用處，攻擊對憎惡造成的傷害微乎其微，在遠處的鷹眼雖然能造成一點傷害，也是稍稍阻礙憎惡的行動。但是這也夠了，托尼已經趕了過來。托尼的馬克i并沒有研發完全，現在穿的只是馬克序號系列的戰衣。
娜塔莎糾纏被憎惡看破，憎惡賣了一個破綻將娜塔莎一腳踢出很遠，撞爛了三輛汽車。重傷出局，而鷹眼被一輛汽車砸翻在地，憎惡舉起另一輛汽車準備砸向鷹眼，被趕來的托尼一個手炮打爆，救下了鷹眼。“你們沒事吧，看來情況不妙啊。這怪物哪里來的”？