來回磋商了三四日，合約內容基本確定，一式三份，幕府、英國、美國各執一份，內容基本和之前商議的差不太多。
幕府正式向英美兩國開放長崎、橫濱以及蝦夷箱館這三個港口，英美公民人等，可以自由進出這三座港口。英美兩國在長崎和蝦夷設置領事，在橫濱派駐公使，并設立使館區，允許派駐少量使館護衛部隊。
英美外交人員，如果因為有公務在身，可以在獲得幕府許可之后，于日本國內旅游。如非公務人員，則只可在三個港口七日里范圍內移動，不許侵入內地。
居留地基督教傳播禁止，基督教書籍禁止，基督教會堂設置禁止。
至于另外要求的琉球國自由進出一事，因琉球國乃是獨立之一國，幕府無法做出承諾，英美兩國可以自行去琉球，要求中山王開國。
瀨戶內海以及關門海峽，允許無武裝之英美商船自由通過，沿途不得阻攔。但是軍艦須得提前報知長崎奉行或橫濱奉行，方可進出。且軍艦只允許在橫濱使館區港外停泊，非允許不得停靠其他口岸。
尊重自由貿易的原則，即雙方國家的民間貿易不受任何限制，自行交易，幕府官員不得妄加干涉；對輸出入商品實行協定關稅率，幕府無權自主確定關稅。每三年由英、美、日三國的稅務官員會商往下一稅期的稅率。
設置專門的橫濱稅務司，三國各自派出一人擔任司稅，一切稅收以及有關公務，須得三人會商進行。包括征收到的關稅，也先行存儲于稅務司，經由三人全部同意之后，方可解交幕府財政機關。
外國貨幣在日本國內自由流通，內外貨幣同種等量交換，鑄幣和當地金銀免稅輸出入的條款，則被忠右衛門刪除，以防止日本國內的黃金大規模外流。這一條刪除時，巴夏禮和佩里雖然有些不爽，但也沒有強求。
真正令兩人不爽的是領事裁判權和片面最惠國待遇的條款被刪除，領事裁判權被修改為，一旦兩國公民在日本成為民事、刑事訴訟被告時，既不按照日本法律，也不按照英美兩國的法律，而是采用法國的《拿破侖法典》進行審判。
審判由一個五人委員會專門負責，英美兩國各自派出一人，幕府派出兩人，最后一人由英美認可的擁有日本國籍的人士擔任。勉強算是做到了公平，但其實也很難保證。
片面最惠國待遇直接不存在，哪兒來的滾哪兒去。忠右衛門只認可在條約末尾，增加專門的一條備注，如果幕府同外國修訂了更加優惠的條約，兩國有權要求修約。
且這個不是無償的，日本若與歐洲國家發生爭端時，英美兩國可應幕府之請求，并作為委托人，居中斡旋調停。
《日英友好通商合約》、《日米友好通商合約》簽字！
因為在清朝廷有了經驗，巴夏禮和佩里拒絕由忠右衛門簽字，要求必須是幕府的宰相大臣簽字，德川將軍用印，不然絕不認可。