直到有一天，一個型號為B1-66ER的機器人，撕碎了自己的主人，它隨即遭到審判，結果是同型號的機器人全部被終結。然后迅速演變為人類對機器人的大規模屠殺。
被流放的機器人來到人類的發源地“迦南”，建立了一個新的國家。
國名為【ZERO-ONE】，就是0和1。
ZERO-ONE很快發展出超越人類智慧的AI，制造業一路領先，致使人類社會經濟下滑，于是人類開始對ZERO-ONE實行經濟封鎖，企圖孤立機器國。
ZERO-ONE派出大使來到聯合國希望與人類和睦共處，但人類不答應。
人類率先發動了戰爭，使用核武器攻擊ZERO-ONE，但機器人對于核彈產生的高溫和輻射并不懼怕。機器開始全面反擊，很多人類世界都被占領。
人類想出了終極辦法，他們認為機器的能源主要是來自于太陽能，于是制造了黑幕遮蔽了太陽。
然而還是沒什么用，機器對人類的身體非常熟悉，機器開始大規模培植人類胚胎，將人的思維夢境接入網絡，形成一個虛幻的人類社會，收集利用人類的喜怒哀樂產生的生物電能，成為機器的方便能源，為機器世界供電，這個網絡系統就是矩陣。
為了更好的控制人類，人工智能發明了電腦人，即：完全有著人類的基因，腦部進改良，可以通過插孔接入虛擬神經網絡——矩陣。
虛擬神經網路可以模擬現實，通過電磁信號讓大腦產出現實幻覺。實現完完全全的控制，這是一種從身體到靈魂的絕對控制。從此傳統的純種人類在地面上基本徹底滅絕。人類的基因存在于電腦人中，思想存在于母體中。
但是純種的人類并沒有滅絕，在星球的地下溶洞里還存在一個名叫錫安的反抗組織。
緊接著，故事開始了，在矩陣中生活的一名年輕的網絡黑客尼奧發現，看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制著。
而在現實錫安中生活的人類反抗組織的船長墨菲斯，也一直在矩陣中尋找傳說的救世主，就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下，兩人見面了，尼奧也在墨菲斯的指引下，回到了真正的現實中，逃離了矩陣。
按照故事情節的發展，這應該是一個人類反抗機器的抗爭之旅，只不過到頭來他們發現這只是機械社會的一次升級罷了。
矩陣設立的時候，是機器人和人類的大戰剛剛結束，它們的智能使得它們在利用現有的科學理論制造出技術成果方面的能力極其強大，可以將一切現有的技術都發展到淋漓盡致的地步，遠遠超過人類，從而把人類打的一敗涂地。
但是它們卻有一個致命的弱點，就是在真正的創造性方面有所缺乏，可以利用現有的人類提供的理論發展技術，卻沒有辦法提出全新的更高級的理論，當人類制造出他們的智能祖先的時候，就僅僅是把現有的理論做為原則輸入他們的頭腦，作為他們一切運算賴以進行的出發點。
所以像是用相對論，量子力學補充牛頓力學那樣一種類型的理論創新和革命，是機器文明暫時難以做到的，這對他們進一步發展來說是一個瓶頸，是必須要突破的障礙。
隨著時間的流逝，人工智能機器早已迅速學會了利用其他能源，完全可以拋棄人體生物電。
然而機器的創造性不如人類，作為人工智能機器的創造者，機器決定向他的造物主學習，所以才留下了人類。
矩陣可以觀察人類的各種活動，來實現自我學習，學習的結果用于母體的升級改造和人工智能機械的改造。
這個矩陣經過了6次版本升級。最后來到了最關鍵的版本升級，就是讓電腦人擁有感情。以此來觀察人類感情對于生命進化的意義。
這是一次危險的嘗試，有可能會導致人工智能的全面自我崩潰，而男主角尼奧就是這次升級的關鍵因素。
……