遷都之事太大，朱由檢一時間拿不定主意。
按道理說，在現在的情形下，南京是比北京更適合當做都城。但是朱由檢的主要根基卻是在北方。
而且按照洪承疇的建議，是要把北京朝廷全部廢除，在南京重建朝廷。事情是在復雜，一旦出現以外，后果難料。
眼下江西反賊二十萬大軍被擊潰，江南形勢一片大好，這個時候沒必要太過激進，可以慢慢來。先把江南各省徹底平定，先進行均田改制再說。
“陛下，隨著均田的地方越來越多，都需要委任新的官員，對這些新占地方的管理，必須有一套機構。若是不改組朝廷的話，如何能夠實現完善管理？”洪承疇再次勸道。
對地方的管理必須通過朝廷，官員的委任，對地方的監督，錢糧稅賦的征收等等，都需要一套完善的機制，而現在的制度其實是割裂的。陜北山東，還有遼東、江東這些“新占”地盤，其實是脫離北京朝廷管理的，實行的是一套新的制度。而其他省份，卻仍然施行老得制度，仍然通過北京朝廷進行管理。這就造成了制度的割裂，管理的麻煩。
“這樣吧，先在南京重建六部衙門，新收復地盤皆由南京六部衙門管轄。”朱由檢想了想，說道。
“陛下圣明！”洪承疇喜道。這個決定意味著皇帝已經同意了自己的建議，南京新成立的六部衙門取代北京朝廷是早晚的事。
“南京六部官員經過了清洗，缺額太多。傳旨下去，由錦衣衛審查一下原來六部剩下的官吏，沒什么大問題的一律釋放吧。”朱由檢吩咐道。
六部主要官員都被處置了，剩下的都是小魚小蝦，沒必要再下重手。成立新的六部衙門需要太多官吏，剩下的這些官吏若是沒有大罪，盡可以使用，畢竟他們有著豐富的經驗。
“是，陛下。”一旁的王承恩答應著，出去吩咐去了。
“陛下，南京六部的官員？”洪承疇問道。
“兵部尚書還是你當，戶部尚書便是袁可立了。”朱由檢道。
江南遠未平定，接下來招募訓練禁衛軍，派兵征討各省，戰事會非常頻繁，兵部尚書的責任很大，朱由檢身邊這些人，也只有洪承疇能夠勝任這個兵部尚書。
隨著新地盤的占領，接下來要進行均田釋奴，要征收田稅商稅，戶部的事情也非常繁雜，袁可立雖然年邁，精神尚好，足以勝任戶部尚書一職。
但南京六部，還需要很多官員。
“吏部尚書，可調李邦華前來擔任。”朱由檢想了想道。李邦華現在是兵部侍郎兼左副都御史，其雖然是東林黨一員，但為官清廉，能力很強，并不喜歡拉幫結派，任命他為吏部尚書比較合適。
“陛下，李邦華畢竟是東林黨，算不得自己人，把官吏任免大權交給他合適嗎？”洪承疇勸道。
“沒什么不合適的，南京吏部的職權只是新占地盤，選官范圍只能從科學院、商貿學校，吏考生，還有退役禁衛軍軍官這些范圍。在這個范圍內，隨便他選用誰都行。”朱由檢解釋道。