勛貴士紳豪族的生意店鋪抄家的同時也被沒收，經過考慮之后，朱由檢宣布對這些店鋪進行產權改制，店鋪產權歸朝廷所有，由南京戶部衙門代管，但店鋪原先的掌柜管事伙計都獲得一些干股，以后店鋪的利潤會分給他們相當的比例。這相當于把南京城內很多行業的生意變為國有，以前的雇工成了國有企業員工。
還能從事原先的工作，而且待遇比原先好了很多，這自然讓很多人欣喜莫名，臉上的笑容自然增加了很多。
南京是江南重鎮，論富庶也許不如蘇州，但絕不在杭州之下，陶瓷、印染、造紙，很多行業都是要全國翹楚。這些行業原本的主人都被抄家，行業被收歸國有，光是這些行業生意每年賺的銀子，便是一筆龐大的數字。
抄家所得財富，再加上這些產業，便是朱由檢進入南京以后最大的收獲。但朱由檢也清楚，不能做涸澤而漁的事情，不可能控制全國所有行業。既沒有那么多精力也沒有那么多人手，根本控制不過來。
所以除了沒收涉及造反的勛貴士紳產業，對其他產業朱由檢并未亂動，仍由原先主人控制。而且禁衛軍入城后紀律嚴明，根本沒有搶劫的事情發生，不收賄賂公買公賣，讓很多商人感慨不已，這也使得南京市面很快就得以恢復繁榮。
李定國還在攻城掠地，向歸附江西的徽州等地發起進攻，而南京城已經一片祥和，完全從戰爭的創傷中恢復了過來。
三十六坊已經成立，任命了一些受傷退役禁衛軍官當坊長，從此南京市面上的很多事情，都可以由這些坊負責，坊負責不了的再歸縣衙處置，可以有效的實現對整個南京城上百萬人口的控制。原先整個南京城只有應天府上元江寧三個衙門，卻要管理上百萬人口，管理模式太過粗放，百姓們遇到冤屈往往投告無門，只能任由士紳勛貴魚肉，而以后，百姓們出了任何事情，各坊坊長都會第一時間處理。
李定國正在攻打徽州府，二十萬反賊大軍被全殲，使得反賊控制地方人心惶惶，往往大軍一到，反賊委派的地方官員便會主動開城投降。按照現在的形勢，這個春天便能徹底收復南直隸江南各府，把戰線推到江西。
按照計劃，夏糧征收過后，有了充足的糧食，新招募的禁衛軍也訓練的三個月，到時才是正式出兵江西的時候。既然守住了南京，控制住整個南直隸，朱由檢已經不急著進攻，決定穩扎穩打，收復一地穩定一地，然后再向下一地進攻。
原先還擔心江東出現糧荒問題，現在則不用擔心了。就在數日前，一支糧船隊到了南京，卻是湖廣而來的糧商。
南京之戰結束后，原本向南京而來的湖廣兵驚恐萬分，根本不敢繼續前來，而是在湖廣巡撫帶領下進了鄱陽湖，去了南昌。南京之戰的結果迅速傳到各地，原本已經投靠江西反賊的地方士紳官員皆惶恐不安。二十萬大軍都敗了，各地哪里還有抵抗禁衛軍的實力？
除了一些已經帶頭造反已經回不了頭的士紳官吏，其他士紳皆動搖了起來，他們終于認識到皇帝的力量是何等的強大，知道若是繼續對抗下去，下場恐怕將和南京士紳勛貴一樣，落得個身死族滅！
南京菜市口一場屠戮，嚇壞了整個江南的士紳，斬首、腰斬，甚至凌遲，這些刑罰通過報紙迅速傳遞開來，讓無數士紳官員感到驚懼。各地的士紳已經弄清楚，不抵抗的話，禁衛軍到來后頂多分去田地，生意甚至都能保留一些，若是再抵抗，則一切都沒了，如何選擇，自然不難決斷。
當然，還有更好的辦法，便是主動投靠皇帝，若是能被接納的話，以后將再不用擔心，說不定連田地都能保留。當然，這是一些士紳的妄想，因為無論如何，均田是朱由檢一定要堅持的政策，不會因為任何人而有改變。
不過想投靠皇帝也不容易，畢竟不是誰都能見到皇帝的，能不能被接納也很難說，必須做出一些事情作為投名狀才行。于是便有了湖廣的糧商運糧前來南京。
先前的時候，為了封鎖江東，江西監國朝廷下了命令，禁止江西和湖廣的糧食運到江東，想借此造成江東糧荒，使得朱由檢控制的地盤出現內亂。畢竟這個時代，大明最大的糧倉便是湖廣，其次便是江西，江東因為種植桑棉太多，糧食沒法自給自足需要從江西湖廣購買。若是禁止糧食運到江東的話，這個春天江東四府必然會出現大規模的糧荒，到時定然會有數以萬計的人餓死，必然會生出大亂。
計劃是非常好，但是南京之戰的結局改變了這一切，使得湖廣的糧商驚懼萬分，再不敢做出囤積糧食的舉動，紛紛帶著糧船順江而下趕來南京，希望贏得皇帝的諒解。當然，他們會把一切推到戰爭之上，說因為江上大戰，不敢運糧前來，并非他們和反賊勾結。
而這些糧商們的帶來，也將使得江東的糧荒得到很大緩解，朱由檢自然很高興，派人告訴這些糧商，對他們以往的罪過不再追究，但是糧食必須按照市價販賣，不許故意太高糧價囤積居奇。這些糧商自然不敢違背朱由檢的旨意，紛紛表示會平價賣糧，甚至有些糧商為表忠心，口口聲聲說以收購價賣糧，不打算賺一文錢。當然，還有更聰明的糧商