當然水師的火炮也展開了反擊，鄭芝龍麾下有五艘海船，裝有紅衣大炮三十多門，火力非常強大。然而叛軍的炮臺位于湖口兩側山上，對方可以居高臨下轟擊，船上的紅衣大炮卻根本射不了那么高。
眼看強行進入湖口損失太大，鄭芝龍仔細想過之后，決定先打下九江城。九江是江西重鎮，是叛軍除了南昌以外最重要的城池，只要拿下九江，便能斷絕湖廣和江西的聯系。從九江南下，便可走陸路進攻南昌。到時叛軍在鄱陽湖兵力再多，也沒有太大用處。
于是鄭芝龍放棄湖口，陳兵于九江城外，以紅衣大炮對九江展開猛烈攻擊。
九江城臨江而建，背面城墻距離江道只有不到二里，正在紅衣大炮射程以內，鄭芝龍都不用把紅衣大炮從海船上卸下，直接在船上就能炮轟。
三十門紅衣大炮輪番開火，轟鳴聲聲震九霄，炮彈落在城墻上，落在九江城中，整個九江城處在一片惶恐之中。然而九江城太過堅固，沒有數日時間恐怕難以破城。
就在鄭芝龍炮轟九江之時，朱由檢帶領大軍到達湖口，十多萬大軍，在距離湖口二十里扎營。
鄭芝龍乘船來到大營，拜見皇帝和督師洪承疇。
“數日時間，為何沒有攻克湖口？”洪承疇厲聲問道。
“回陛下，回督師，叛軍在湖口兩側山上修有炮臺，安放大炮百余門之多，末將數次率船隊進攻湖口，均遭到其猛烈炮擊，損失戰船五艘，損兵二百多人，無奈之下，只能選擇進攻九江。”鄭芝龍回道。
“叛軍有炮臺，你不是有紅衣大炮嗎？”朱由檢問道。
鄭芝龍苦笑道：“叛軍炮臺皆在山上，我軍紅衣大炮仰攻不利，根本奈何不了對方。”
“其炮臺再難打，難道還能比九江城難打嗎？派兵登陸奪了其炮臺便是。”洪承疇冷冷道。
然而叛軍在炮臺山上布有重兵，若是想打下炮臺的話，必然得先擊潰其山上軍隊，難度其實不比進攻九江差多少。而鄭芝龍手下都是水師，并不想也不適合強攻炮臺。
洪承疇征得朱由檢同意后，下令由劉興祚、李延庚各率五千遼兵，向湖口兩側炮臺展開進攻。又命劉永福帶領兩萬人，負責抵擋叛軍援兵。
在這十多萬大軍中，以五萬遼東禁衛軍戰斗力最強，攻堅的任務自然交給他們。
而遼東禁衛軍也展現出了強大的戰力，只是半天時間，消息傳來，李延庚已經攻破了湖口北側炮臺山，擊潰了叛軍一萬余人，奪下了炮臺，繳獲火炮五十余門。
又過了半個時辰，劉興祚也派人回報，攻下了南側炮臺。
只用了半天時間，一萬遼東禁衛軍仰攻兩側炮臺，擊潰了有炮火支持的叛軍三萬余人，奪下了炮臺兩處，繳獲火炮一百余門。
其間，叛軍派出數萬軍隊支援炮臺，卻被劉永福所部禁衛軍阻攔，一番激戰之后，叛軍援兵被擊潰。
至此，禁衛軍完全占據了湖口，進入鄱陽湖的通道徹底打開。
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