二十萬人齊卸甲，接下來就是招降納叛工作，非常的繁雜。
對于主動投降的八大總兵們，朱由檢并沒有太難為他們，只是解了他們的兵權，以培訓學習的名義把他們和其他游擊將軍以上軍官悉數送到南京去上軍校高級班。這幫人若是在培訓學習中表現良好的話，還會有帶兵的機會，否則以后只能掛個閑置養老，再想帶兵是不可能得了。
叛軍將領們都被送走了，剩下的都是大頭兵和低級軍官，這些人大部分都是農民或漁民出身，也有一部分世襲軍戶。對他們的處理就簡單了許多。只需要發放一筆錢糧遣返回鄉就行了。
他們回鄉后可以種田，可以打魚，也可以做工，江西是魚米之鄉，工商業非常發達，只要肯吃苦總能找到一條活路。再加上很快就會在江西均田，哪怕是最貧困的農民將來也有有自己的田地，好好干活吃飽飯還是問題不大。而這也是很多俘虜所向往的，他們早就想離開軍中回鄉了，當初進入軍隊大部分都是被強迫的。
不過也不能就這么輕易放回他們，需要利用這段時間對他們做些什么。
做什么？自然是進行思想教育了，進行必要的思想教育，然后再放他們歸鄉，這樣將來會省下很多事。
于是，洪承疇下令，對這二十萬俘虜按照所在縣鄉重新整編，每個縣整編為一個營，每個鄉下整編為一個隊。每個營派一個宣撫官任營正，每個隊派一個監軍為隊長。
禁衛軍中足足派出了兩千多人參與整編，導致原本監軍宣撫數量大大減少。為此，朱由檢又下令從禁衛軍中重新選拔了一批識字的士兵做監軍，從隨軍的吏考生中抽調一批進入軍中擔任宣撫官。
接下來的半個月時間，監軍和宣撫官們會對這些俘虜進行嚴格的思想教育，教授他們認字，講述忠君愛國以及人人平等的道理，同時宣講皇帝均田免賦的政策。在進行思想教育的同時，也會從這些俘虜中挑選人才。畢竟是二十余萬人，哪怕大部分都是大字不識的愚昧農民，其中必然也有英雄豪杰。
挑選身強力壯武藝精悍者進入軍隊，挑選頭腦靈活者進行培養，以后可以在地方政府做事，等等。
在二十萬大軍投降的第二天，消息從南昌傳來，南昌文武舉城投降，陳永福的軍隊已經控制了城池，靜待朱由檢進城。
留下洪承疇在鄱陽湖整頓軍隊，朱由檢在李定國部的保護下向著南昌而去，于次日進入了南昌城中。
在陳永福的帶領下，偽朝廷大學士解學龍、吳兆元等南昌官員迎接與城門外。
“罪民朱由崧拜見陛下。”朱由崧赤著上身，跪在城門外，滿臉羞愧的向朱由檢請罪。
看著這個和自己血脈最近的宗藩，看著眼前這個肥的和豬一樣的家伙，朱由檢神色復雜。
太祖高皇帝啊，你看看你一手制定的優容國策養了一幫什么樣的混蛋后裔！
“就你這樣的也敢和朕爭奪皇位嗎？”朱由檢騎在馬上，用馬鞭點著朱由崧后背冷聲問道。
“罪民不敢，都是陸鵬袁崇煥那些人欺騙罪民，罪民才上了他們的當。”朱由崧跪在地上哆嗦道。
“他們欺騙你，你是傻子嗎？還不是你對朕一直不滿，才有了謀逆的心思。”朱由檢冷笑道。
當初自己以莫須有的罪名抄了福王府，把朱由崧關進了鳳陽大牢，想必從那開始朱由崧就對自己懷恨在心了。