朝鮮國雖然是被迫歸附建奴和建奴約為兄弟之國，但畢竟做出了背叛大明的事情。現在明軍給與建奴重創，奪取了和朝鮮接壤的定遼右衛，使得朝鮮國內震動，朝鮮王連忙派出使者到大明來朝拜，解釋被迫歸附建奴之事，純屬小國的無奈。
事實上對于朝鮮國被迫歸附建奴，大明朝堂官員都能理解，畢竟是大明無力保護藩屬國，怪不得藩屬國另投他國，而且朝鮮國的心一直在大明這邊，視建奴為蠻夷，歸附建奴純屬迫不得已。大明是天朝上國，理應寬宏大度，對朝鮮自然不應苛責。
然而現在的朱由檢不是以前，魂游時見過后世棒子國的無恥，對棒子國歸附建奴情形自然不愿輕饒。
于是朱由檢以皮島荒涼無法耕種、救回的數萬遼民需要安置為由，下旨把百姓安置在朝鮮鐵山半島、義州、朔州和大明隔鴨綠江相望的地區，并派出禁衛軍駐守以上地區。事實上，這些地區在元朝的時候歸元朝所有，太祖朱元璋建立大明之后，看朝鮮國恭順，才把鴨綠江以外地區劃給了朝鮮，現在朱由檢決定重新拿回來。
對朱由檢的決定，朝鮮國雖然不愿，卻也無可奈何，畢竟名義上朝鮮屬于大明，朝鮮國土也是大明土地，現在大明皇帝只是征用一些朝鮮土地安置從建奴那里救回的遼民而已。經歷了建奴的兩次攻打，朝鮮國力虛弱不堪，對大明根本無力反抗，再說大部分朝鮮官員也不想反抗。
有了朝鮮數州，再加上寬甸鳳凰城等地，救回的遼民和皮島的軍民便有了足夠地方安置。
除了定遼右衛，明軍在還占領的便是遼南地區，主要是旅順、金州半島南部一帶。遼南半島多山，不適合耕種，沒必要占據太多地盤，旅順港是山東通往遼東畢竟之路，必須得占領。盧象升向朝廷請旨，以周遇吉為旅順總兵，率禁衛軍三千，原東江兵七千，共一萬人，駐扎在旅順金州。
是的，現在遼東歸盧象升負責，孫傳庭已經被免了薊遼總督之職。
無力阻止停征遼餉，張捷等御史便把矛頭對準了孫傳庭，每天彈劾孫傳庭的奏疏達數十份之多。而孫傳庭在此次大戰中表現也不盡如人意，比如永平府之戰，明軍向無辜百姓動了刀子，致使數萬百姓慘死在戰場上。雖然當時孫傳庭也是被逼無奈，但發生了就是發生了，對有道德癖的人來說，這就是污點。
遭到這么多彈劾，孫傳庭上疏自辯的同時，請辭薊遼督師之職。朱由檢便下旨，免去孫傳庭薊遼督師之位，改任南京兵部尚書。
從薊遼督師這天下第一督撫，到南京兵部尚書，說不上是升官還是貶職，孫傳庭原先就掛兵部尚書銜算是平調，南京又是陪都，權力當然沒有當薊遼總督那么大。但在南京，六部職位都是用來養老，兵部尚書卻不是，而是掌管南方兵權的，算是南都官員之首。從這方面來說，孫傳庭又算是升官了。
朝臣們猜不透朱由檢的用意，見孫傳庭被打發到南京“養老”，也就不再鬧騰了。
薊遼總督出現空缺，想做這個職位的紛紛鉆營，但都被朱由檢否決。朱由檢宣布，不再設薊遼總督之位，遼東一應事務由遼東經略盧象升負責。
盧象升剛剛立下大功，即便升任薊遼總督也無可厚非，不過遼東經略職位除了不管薊州，論職權和督師相差不多。
盧象升率軍撤回了遼西，留下了三營禁衛軍在遼西駐防，其他禁衛軍都返回北京城。
朝廷的封賞下來了，盧象升因直搗黃龍立下奇功，被加封為太子少保，左副都御史，掛兵部尚書銜經略遼東，正式成為正二品大員。