如此，淮左、淮右的緊張局勢方又歸于平靜。
馬士英此時也顧不得替劉良佐報仇，他謀入內閣不成，恐嚇渡江也不成，使得被東林黨掌控的南都朝堂對他甚為排擠，尤其是南都派了不少官員前來淮西拉攏由他節制的將領，據說監軍太監盧九德也對他馬總督有不滿之意。
唯恐失勢的馬士英在急于想在南都朝堂復起的崇禎朝大學士魏炤乘的蠱惑下，竟然派人去聯系武昌的左良玉，說什么潞王于南都是擅自登基，是東林黨一家之勝利，其余有德官紳皆無法入得朝堂。又說什么潞王信佛，為人懦弱膽小，根本不是中興之君。真要立天子，近有鳳陽剛武唐王可立，遠有神宗親藩桂王可立，怎么也輪不到潞王。
馬士英是想手握重兵的左良玉能夠同他一起向南都施壓，至于是不是另立天子，倒不是當務之急。
左良玉這人自崇禎十二年后長期擁兵自重，蹂躪地方，朝廷無可奈何，崇禎更是一味姑息牽就。
潞王在南都登基的時候，左良玉坐鎮武昌，位處南都上流，扼據戰略要地，部下有兵將二十余萬，號稱八十萬。不過其主力在去年朱仙鎮大戰中覆沒大半，可稱精銳能戰之兵不過三四萬人，其余多是收編的各路雜兵和強征的夫役。
按慣例，南都方面將潞王登基的詔書頒發到武昌，左良玉卻不肯承認，因為早在知道北京淪陷消息時，左良玉就有挾兵馬立楚王為帝的打算。如今南都卻跑過去一個潞王登了基，把左良玉的算盤都給打亂，心中自是不快活。
左良玉的部將馬進忠、李國英、徐勇、張勇等人不承認南都的潞王政權，請求帶兵東下。
好在湖廣巡撫何騰蛟、巡按黃澍等人還是深明大局的，這幫人極力勸說左良玉，左才同意開讀詔書，表示擁戴，并示意副將馬士秀對諸將道：“你們哪個再不聽左公命令要東下，我殺了他！”
隨后，馬士秀在大船上架起大炮截斷長江航線，李國英、徐勇等鼓噪東下的將領這才安靜下來。
只是左良玉這個擁戴也就是嘴上說說而矣，崇禎在時尚奈何不得他，況一個潞王。
南都方面可能也知道節制不了左良玉，所以也只是將其寧南伯的爵位提升為寧南侯，被左良玉把持的平賊將軍印授予其子左夢庚，另外蔭左良玉一個兒子為錦衣衛正千戶，額外又給了左良玉一個太子太傅的加銜。
左良玉對南都方面的封賞沒有表示不滿，因為李自成在山海關的大敗讓他得到了喘息之機，于七月至九月這三個月，相繼派兵收復了湖北西部的荊州、德安、承天等地。
仍被弘光朝任命為湖廣巡撫的何騰蛟及崇禎朝任命的總督江西、湖廣、安慶、應天等處軍務袁繼咸同左良玉的關系都不錯，看上去左良玉這個寧南侯于武昌能夠替南都撐住局面。
馬士英的聯絡讓剛剛穩定湖北西部的左良玉覺得有利可圖，只是何騰蛟卻不同意與馬士英聯名或聯兵對南都施加壓力，
巡按御史黃澎卻另有打算，認為此時大明諸軍鎮以寧南侯左良玉最為強大，而他與左良玉的關系特別密切，因此可以左良玉的兵力為后盾，入朝成為中樞重臣。
九月十九日，黃澎上書南都痛罵首輔史可法無能，竟然在天下人皆知吳三桂已經降清，還說他是借清兵收復神京，是什么功在社稷的義舉。