政務院設正副兩長官，即左輔與右弼，相當于左丞相、右丞相。永昌年間設的上相和天佑殿大學士兩職不再復設，如此一來，政務院便以左輔、右弼為貴。
左輔右弼之下又設六學士，每學士各領一政府，相當于分管各政府的意思，遇有大事，則六學士會商之后呈報左輔右弼，以達成陸四要求的“集體決策”的效果，而非一人獨斷，這樣能夠避免國策掌握在一人手中，從而對國家產生危害。
總體上，政務院同前明內閣極為相似，區分在于首輔為左輔、次輔為右弼，并且六學士于國策上的發言權和建議權得到極大增強。
但是為了避免出現前明時期的黨爭造成國策遲遲不定，陸四又規定一旦政務院就某事不能達成一致，則必須交由圣裁。
六學士雖分管六政府，但本身卻不能直接干涉六部事務，避免六學士因為分管某政府造成權力過大，同時六學士分管各政府須定期交換，從而保證該學士不會架空分管政府。
政務院、樞密院之外又有同級監察機構，仍叫都察院。永昌年間改御史為直指使，陸四嫌直指使不好聽，仍叫御史。
都察院由皇帝直管，不受政務院、樞密院管轄，對二院又有監察彈劾權力，相比前明都察院權力更大。
除此外，翰林院改為弘文院，六科給事中為內參，其余如通政司、詹事府。太常寺、鴻臚司皆保留。
地方上，永昌時定節度使、通會、防御使、府尹、州牧、縣令六級制，此外輔官有府同、理刑、州判、縣佐等官。
顧君恩意保留永昌定制，陸四對此卻有保留意見，認為可仍沿明制，各省設巡撫、布政、知府、知州、知縣等官，取消節度使一設。但于基層增設鄉官、村官，定不入流，但領國家正俸，以加強大順對基層統治。
陸四的態度是官職叫什么不重要，不能因為大順推翻了明朝就要將前明的一切制度都予以推翻，關鍵是要吸取前明的弊政教訓，使政令上通下達，提高效率，不使百姓再正賦之外又有苛捐雜稅之苦。
具體，陸四讓顧君恩參照淮軍當初在淮揚建村設鄉成果加以調整。
顧君恩昨天晚上可沒怎么睡，他在皇城原前明內閣值房熬了一宵，除了按闖王意思督辦各項事務外，也在完善他的大順建國綱領。
不過，這次大清早過來見闖王，不是匯報建國綱領之事，而是來報喜的。
喜事有三。
第一，滿洲天津總督駱養性聞清廷出關，已于天津城中易幟歸順。
第二，滿洲遵化巡撫宋權使人往北京上降表，愿率全城軍民歸順，前提是大順不得追究從前之事。
第三，滿洲山西巡撫吳惟華于日前正式奉表歸順，現大順延安總兵李元胤已率部接防太原。
此三事，陸四分別批示。
第一，著駱養性為天津巡撫，配合第八鎮接管天津。
第二，回書遵化方面，大小官吏俱自縛來京待審。若不自縛來京，則命大軍予以剿滅，城破，玉石俱焚。
第三，命吳惟華為大順山西巡撫，配合延安總兵李元胤接管、招撫地方，以求晉省早日安定。
“駱養性這個人，兩面三刀，不可重用，過些日子調他到弘文院任學士。宋權助紂為虐，今滿洲大勢不在方來歸順，卻要我大順不計前嫌，此等降官忠心不足，我憑甚重用于他？叫他來京，來之，定其諸罪，降兩級留用。不來，著命第一軍前往剿滅。”
說到這，陸四稍作停頓，“吳惟華這個人也是小人，但有本事，左輔可以我的名義直接修書于他，山西全境安定之日，他便是大功臣，仍可為督撫大員。否則，亦降一級聽用。”
言下之意是讓吳惟華繼續發揮他勸降招撫的本事，替大順把太原以外“擺平”，擺不平，這家伙就別當山西巡撫，改一個地方當知府去。
交待完這些事后，陸四又問顧君恩何人可為順天府尹，顧君恩答說降官方大猷可用。
陸四點了點頭，命召方大猷前來，爾后自宮門出先去了內城。
內城原先就是達官貴人據所較多，后來滿洲入關將內城漢人全部遷出，設為滿城，如今卻是人去屋空，安靜空蕩的很。