0086年，當雷比爾把槍口對準官僚體系的時候，反擊開始了。
地球聯邦部分官僚以聯邦軍、歸隱的吉翁軍甚至海盜等為兵源，成立了反提坦斯秘密組織“奧古”。
0087年底，在一年戰爭敗逃至遠地資源衛星阿克西斯的基西利亞扎比帶著新生吉翁返回地球圈。
雷比爾將軍率領提坦斯艦隊迎擊。
在雙方打的最焦灼的時候，奧古宣布起義，反抗提坦斯的暴政其實并沒有。
狠狠的捅了提坦斯一刀。
這場二打一的戰爭以雷比爾戰死提坦斯被重創，新吉翁半殘，奧古重新轉入地下而落幕。
為了挽尊，這場時長半年的戰爭被成為新吉翁戰爭。
0088年，華肯上將接過提坦斯的大旗，出任提坦斯的司令職務。
同年，新吉翁占領side3全境，吉翁公國復辟，基西利亞登基。
0090年底，以新吉翁貨船“恩底彌翁號”被提坦斯擊沉為導火索，第二次新吉翁戰爭爆發。
這次戰爭中，數名新人類駕駛員脫穎而出，比如捷多，比如卡繆，比如阿姆羅收養的神秘少女拉拉辛。
這次戰爭中，提坦斯遭遇了新吉翁的克隆新人類部隊，后來查明，這是45名12歲的克隆人少女。
這讓以阿姆羅為首的新人類深受打擊。
戰后，幸存的4名蘿莉被布萊德諾亞、阿姆羅、捷多、卡繆收養。
然而，失去財閥支持的提坦斯被徹底打殘，在決戰中，投入全部兵力背水一戰的提坦斯不計后果的攻擊新吉翁，基西利亞戰死，吉翁第二公國被推翻，吉翁第二共和國成立。
扎比派被突入side3的提坦斯士兵血洗，僅有年僅11歲的密涅瓦扎比在基西利亞親衛隊的保護下出逃，前往火星圈避難。
因為提坦斯被解散，聯邦軍羸弱，地球圈治安急速惡化。
聯邦軍組織精銳士兵以及整編提坦斯幸存者，以明星艦長布萊德諾亞以及戰爭中涌現出來的新人類駕駛員為核心組建了地球聯邦治安維持部隊“隆德貝爾”。
在死亡商人阿納海姆電子工業以及地球超大型財閥羅氏商會的支持下，隆德貝爾迅速發展，宇宙艦隊的規模甚至達到了四只整編艦隊的程度。
0093年，卡斯巴爾戴肯舊吉翁軍明星軍人夏亞阿茲納布回歸side3殖民地“甘泉”，發表演講，在有心人的支持下于“甘泉”成立新國家“neo吉翁”。
同年，第三次新吉翁戰爭又稱夏亞之亂，一周戰爭爆發，夏亞試圖把小行星阿克西斯墜落地球，倒逼地球居民全部移民宇宙。
借此來一舉抹平地球居民和宇宙居民之間的鴻溝。
這次戰爭在一周內被平息，neo吉翁艦隊被六倍以上的隆德貝爾艦隊圍毆，超級王牌駕駛員夏亞被捷多、卡繆、阿姆羅、拉拉辛四人圍毆，堅持了30分鐘后被擊墜戰死，阿克西斯進入墜落的最終階段，阿姆羅等新人類駕駛員試圖使用s將阿克西斯推離地球。