朱由校因此看了起來，看了一會兒后，他也不由得瞠目結舌起來。
雖然朱由校知道大明吏治**很嚴重，但他沒想到會**到這么嚴重的地步，有兵部官員不但貪墨軍餉，還給各類武官職務進行明碼標價，明目張膽的賣官鬻爵，甚至有些兵部文官仗著有傷害底下武官的權力，故意篡改底下武官領取的軍餉數字，然后誣告說這些武官吃空餉虛報軍餉，逼迫這些武官孝敬他們，也有和武官勾結或逼著武官一起吃空餉冒功的。
“大明武官越來越不成器，吃空餉乃至殺良冒功者越來越多，根子就出在管他們的文官身上！傳內閣閣臣。”
朱由校說后就把這些兵部文官的供詞摔在了地上。
一時，方從哲、韓爌、王象乾都來了乾清宮。
這些人來了后，朱由校就直接把這些兵部文官的供詞丟給了方從哲等人：“仔細看看！這讓朕以后還怎么信任你們文官？！”
方從哲等人忙認真看了起來。
雖然三閣臣都對這種事早已心知肚明，但現在也不得不表現出驚駭萬分的樣子來。
“陛下，這也太駭人聽聞了，這些人怎么如此沒有忠義廉恥！”
韓爌甚至最為激動地先說了起來。
“陛下，這事實在是匪夷所思，臣實在是聞所未聞！想不到我文臣中竟有墮落到如此地步者！”
方從哲也說了一句。
“陛下，臣不得不說，這樣下去，兵政焉能不壞！”
王象乾也感慨了一句。
……
“吏治**的太嚴重，不能不用重典！重彰太祖之法，皮膚當加重，貪污六十兩白銀以上者，腰斬，剝皮實草，籍沒家產！六十兩以下者，斬立決！籍沒家產！這次所有貪墨官員都這樣處置。”
朱由校這時候說了起來。
而三閣臣聽后都十分驚訝。
方從哲也不得不承認陛下這樣實在是太狠了點，也就問道：“陛下，這次兵部幾乎大部分官員都涉嫌貪墨，以臣剛才看了口供所知，除了兵部左侍郎徐光啟與剛從知縣任上調進京的兵部主事孫傳庭外，皆貪墨，這無疑是窩案了，真要全部殺掉，那兵部幾乎就沒人了。”
“正因為是窩案，才要嚴辦！一個部衙的人貪污腐化到這種地步，不盡誅之，其他部衙是不是也會認為只要上下其手，竄通貪墨，就不會有事？不能讓其他部衙的人心存僥幸，要以儆效尤！都殺！兵部沒人，就立即安排人，朕就不信天下還缺當官的人，另外，把兵部的職權得分出去一部分，權力太大了！”
朱由校咬牙說著以后就道：“既掌著天下武官考選與升降，又管著軍餉調撥，還有兵事指揮，沒有制衡，以致于貪污得肆無忌憚！立刻擬旨，重彰祖法，還武官考選與升降以及指揮之職能于五軍都督府，五軍都督府下設武選司與軍機司，兵部只留車駕與武庫兩司，添設一財庫司，負責軍餉發放，另設一訓練宣教司，負責兵馬訓練事與邊防宣教！”
內閣閣臣們都沒想到皇帝陛下會借此機會奪兵部之權。