不過，在次日一早，刑部尚書黃克纘就上了辭官疏。
他雖然是非東林官員，但要讓他這個刑部尚書親自處決那么多士子，他也實在是不敢。
內閣票擬的意見是駁回黃克纘的辭官請求。
而朱由校也同意了，因為這時候那么多要犯要處決，他也來不及更換一個合適的刑部尚書。
但是，朱由校沒想到的是，在駁回黃克纘的辭官請求后不久，魏忠賢就突然進了宮，對他稟告道：“皇爺，東廠剛剛得到消息，刑部尚書黃克纘服毒自殺了！”
服毒自殺？
朱由校聽到這個消息后十分驚駭。
他沒想到黃克纘寧肯自殺也不愿意去處決李三才和那些士子。
朱由校雖然即位以來殺了不少人，但他內心也并非完全漠視生命，當他沒有決定處死一個人而這人卻因自己而死時，還是會有所觸動的。
所以，朱由校將手中的筆摔在了案上：“這個老東西，朕都沒有怕，他怕什么！”
“皇爺，東廠還得知一個消息，就是刑部左右侍郎皆已吩咐家人買好了棺材。”
魏忠賢又說了一句。
朱由校聽后一愣：“竟有這事？”
魏忠賢點首：“奴婢不敢欺瞞皇爺！”
朱由校聽后苦笑起來：“好得很，寧肯不活也不愿意屈從朕，這才是剛烈死諫之臣！”
“皇爺，元輔求見。”
這時候，王承恩來回了一句。
“宣他到內書房里覲見！”
朱由校一般不會隨便讓外臣進他的內書房，但今天不一樣，黃克纘的死和刑部左右侍郎都準備以死抗命的確讓他感到了問題的棘手性，他也沒想到處置個李三才乃至因為李三才引發的殺鬧事士子事件會引發這么多的連鎖反應。
方從哲來到了朱由校的內書房，眼含熱淚，直接跪在了朱由校面前：“陛下！這是刑部尚書黃克纘剛上的奏本！”
“拿來！”
朱由校說后不久就從王承恩手里接過了奏本，并看了起來。
朱由校只見黃克纘奏本里主要意思就結尾一句話：“上不敢背君旨，下不敢逆人心，臣唯死矣！”
“這應該是他的最后一道奏本了。”
朱由校說了一句，就看向了方從哲：“朕知道你要說什么，想必你也知道了黃克纘的事，朕維持朝綱，殺一個革員，就這么難？元輔，朕還算是天下之主嗎？”
朱由校說著就語重心長地問了一句。
方從哲忍不住抽泣起來：“陛下自然是天下之主！可陛下，有些事非人力可為，這次要不您就開恩一次吧，您總不能真要逼得朝中忠良孤臣全部殉國吧，黃克纘這些人都是老成持重之臣，他們這些人如果都沒了，那到時候朝堂上就只能是虛偽無恥之輩，而朝堂外之人就真的會與朝廷徹底決裂啊！”
“那李三才呢，說說你的心里話，你覺得他該不該殺，你說實話，朕不會怪罪你。”
朱由校說道。
“該殺！”
方從哲回了一句，然后又道：“但是不能殺！因為他的名望實在是太大了！”