方從哲聽后倒是心里一顫，心道：“自陛下施嚴政以后，連其身邊的廠衛也這么強硬起來，三個侯，一個南京兵部尚書，就這么被殺了！以后，這天下權貴士紳要想不被陛下壓制，就只有造反了，而一旦這些權貴士紳造反成功，那自己肯定會是第一個被千刀萬剮的，畢竟陛下到底還是天下之主，只要權貴士紳們還想用大明的國號做人上人，還是得給陛下幾分顏面，就像隋煬帝也只是被勒死一樣。”
因為這樣想，所以，方從哲不由得暗自發誓一定不要讓有反意的人造反成功。
魏忠賢此時也是和方從哲一樣的想法。
即便他也不是很愿意看見這樣的局面出現，但魏忠賢知道，他已經是皇帝的附庸，他必須毫無保留地支持自己的皇爺。
所以，魏忠賢沒有因為朱由校說許顯純殺得好，而心生反對之意，只繼續淡然地稟報道：“啟稟皇爺，許指揮使還上奏報說他已抓捕涉嫌非法結社、抨擊朝政的士子達六百七十余人。”
“擬旨，入社非法文社者全部革除功名，組建非法文社者，革除功名，罰沒其產，歸地方藩庫，為助學濟民之費，并流放三千里！”
朱由校這時候對方從哲吩咐了起來。
“臣遵旨！”
方從哲沒有諫阻，他也知道這個時候必須從嚴。
而且，方從哲也將崇文寺送抵的題本遞向了朱由校：“陛下，崇文寺也來了奏報，他們已查處書鋪三百四十九處，抓捕出售妖書**、誹謗朝政之反書之人達一千三百零七人。”
朱由校聽后點了點頭，吩咐道：“擬旨，出售妖書**之人，有功名者全部革除功名，然后流放戍邊，并罰沒其產，歸地方藩庫為助學濟民之用！吩咐地方巡撫拿這筆錢多開官辦社學而減少私立書院，多建官辦醫館與公用旱廁以及水渠，而惠民且增強地方抵抗時疫的能力；無功名者，流放戍邊，罰沒其產，歸地方藩庫為助學濟民之用，也與朕剛才所說的一樣，增加官府收稅后反哺百姓的功能，不要再只靠個別有良知的鄉紳建設地方！出售誹謗朝廷之反書者，撰寫者與出售者，皆斬！”
因為和皇后閑談得知地方上，大地主大鄉紳破壞性很強，但一些有良知的小地主小鄉紳對基層維穩又有積極的作用，所以朱由校沒打算把通過查抄違法出書與講學的錢財收歸朝廷中央，這樣做一是現在朝廷國庫充盈了不少，不需要這筆不是很大的錢財，而且，運進京又徒然增加更多運費；
二是朱由校希望增強官府在基層的管控能力，所以就覺得還不如把這筆錢留在地方開社學醫館和公共廁所以及公用水渠等，以這種方式在得罪江南大鄉紳大地主的同時，拉攏江南小地主和庶民，這叫做打一幫拉一幫。
“陛下圣明！臣這就擬旨！”
方從哲頗為訝然于皇帝這手段，忙真心實意地奉承了一句。
接著，方從哲又道：“陛下，東南總督馮銓奏報，錢謙益、葉茂才、陳于泰、張溥等哭孔廟，祭祀因抗稅和煽動鄉民鬧事且襲殺朝廷欽差而死的徐元慶、董祖和、顧永成的人，且哭喊先帝，欲要讓先帝為他們伸冤，其用心險惡，明顯有誹謗朝廷、對圣上不滿且有謀逆之心，故請予以嚴懲。”
哭廟？
朱由校聽后直接說道：“所奏主犯全部斬立決，籍沒家產，另外，據朕所知，這錢謙益乃探花出身，竟也如此目無國法、對朕大不敬，特處其溺死之刑！”
“是！”
方從哲回了一句。
“東廠和崇文寺對在南直隸禁止私自結社講學乃至出書的行動執行的很不錯，傳旨，東廠大小官員皆加賞五年俸祿，崇文寺大小官員皆賞五年俸祿！許顯純加太子少保，馮銓加太子少保，方世鴻升授崇文寺卿加禮部右侍郎，阮大鋮升授崇文寺少卿兼南京翰林院掌院學士！這次南京部分勛貴的表現讓朕很失望，著許顯純會晤南京各勛貴，立即上本表明對朝廷新政的態度！另外，阻撓皇差之王洽等人皆以謀逆罪論處，包括臨淮侯、定遠侯、安遠侯這三勛貴！爵位革除！還有南京戶部右侍郎宗和也以謀逆罪論處！”
朱由校繼續宣起旨來。
“遵旨！”
方從哲繼續擬旨。
一時間，一道道嚴旨從政事堂發了出來。