奢崇明叛亂被平定，也讓方從哲松了一口氣。
因為方從哲其實是比較擔心奢崇明的叛亂會引發一場大且持久的戰亂，那樣會給朝廷增加很大的財政壓力，也容易給自己政敵以口實。
畢竟方從哲自己也不得不承認，自當今天子即位以后，對士紳尤其是江南士紳的打擊太狠了，這已經引起了很多士大夫的不滿。
方從哲也就擔心一旦西南的叛亂不可收拾，會使得許多原本不敢鬧事的士大夫也開始興風作浪，最后甚至會傾覆整個大明朝廷。
但方從哲沒有想到袁可立和徐可求、朱燮元等人會在這么短的時間內平定了這場叛亂。
所以，方從哲心中的憂慮自然也就煙消云散。
而也因此，方從哲也更加篤定地認為天命和人心的確還是在自己的陛下這邊，所以這些叛亂才會這么快的被平定，自己和皇帝實行的新政并沒有讓大明國運往壞的方向轉變。
總之，奢崇明叛亂的平定讓方從哲這個跟著皇帝一起向天下士大夫動刀的內閣首輔增加了不少底氣。
所以，在方從哲看到來自山東衍圣公孔貞寧的奏疏后，他的第一反應是覺得孔貞寧頗不識抬舉，還很是氣惱地把這孔貞寧的奏疏摔在了案上：“這個衍圣公！仆建言皇帝下旨讓他上本表明態度，是要給他孔家一個向天子表忠心的機會，他是真不知道仆的意思，還是假不知道，且仗著我大明天子是漢家天子，對漢人士大夫有同胞之誼，還仗著國朝尊儒，而沒把陛下放在眼里，也沒把朝廷放在眼里？！”
“什么奏疏讓元輔如此動怒？！竟摔桌子！”
朱由校恰巧這時候走了進來。
方從哲這時候也不好遮掩，只得把奏疏遞了來：“回陛下，是山東來的，這衍圣公是老糊涂了，竟說孔聞謤素來品德貴重，頗有圣人遺風，不可能誹謗君父，而言這皆是叛奴構陷所致，所以，他還向陛下您伸冤，甚至要朝廷將李桂發還給孔家，讓他孔府整肅家風。”
朱由校聽后劍眉微豎起來，把孔貞寧的奏疏從方從哲手里接了過來。
待看了后，朱由校倒也沒生氣，只淡淡一笑，問道：“內閣怎么現在才把這奏本送到政事堂來？”
“想必是因近來軍務繁多，內閣沒覺得這事很要緊，就拖后了些。”
方從哲回道。
“還不要緊？這都在對朕下旨令了，似乎這大明成了他孔家的了，這種大逆不道之言不早些說與朕，還要拖到什么時候？！”
朱由校厲聲喝問起來。
“陛下息怒！”
方從哲立即匍匐在地，然后回道：“這孔家眼里沒有陛下，是罪該萬死！但這衍圣公府不比一般世家貴族，他們是圣人后裔，素來受許多儒士禮待，也事關圣人門風，故而朝臣們也就不敢擅自處置此事，且也知道陛下您現在忙于軍機，也不敢以此事擾陛下心緒，也就未敢立即通稟。”
朱由校聽方從哲這么說后沒有說話。
良久后，朱由校才問了一句：“遼東現在戰事如何？孫傳庭和朕的近衛營第一千總部可有斬獲。”
方從哲聽后大驚，心道：“陛下這是要對孔家直接動兵？如果近衛營第一千總部在遼東有所斬獲，就會調回來，然后再調去山東？”
方從哲清楚近衛營第一千總部的羽林衛皆是皇帝陛下的親軍，與普通官軍不用文化訓練不同，羽林衛從受訓開始就被灌輸絕對忠君的思想，如同學生在學堂讀書會拜孔子像，而稱孔子為至圣先師一樣，在羽林衛受訓期間，會拜皇帝像，會從學習第一條道理時開始就在學習要以服從皇帝任何旨令為天職。
所以，方從哲知道皇帝突然問近衛營的情況，肯定是要近衛營替他做一些要冒天下之大不韙的事。