接著，畢自嚴便開始令政事堂中書舍人辦理此事，并在辦好，來到朱由校這里復了旨，且道：
“陛下息怒，傳統官員一向崇尚外邦當禮待，否則有損國體的政策，而不知民族與民眾之尊嚴當有責為其維護，這不是一朝一夕就能改的，只因理學造就了這種思想，要想徹底更改，先放棄獨尊理學、重新培養一代人，培養起民族意識才可，所以，現在雖說問刑定罪已偏向本國漢人以及漢化程度較高者，但底下的官員只怕還是老一套，認為小民可欺，外番之事無小事，故而才出了這樣的事。”
朱由校聽畢自嚴這么說，怒氣稍減：“你說的沒錯，好在朱以海等宗室子弟接受的是新式教育，開始有民族觀念，不然，朕還不知道有這樣的冤案發生。”
“這就是陛下的英明之初了，讓宗室留京，既避免宗室為禍地方，又能借其身份監督朝臣，而且陛下到底算是皇族之族長，能決定其教育，故而可使其接受新式教育，而不用被傳統儒生影響，如今也就能替陛下做些事。”
畢自嚴回道。
朱由校笑了起來：“像你這樣明白的大臣再多些就好了，那樣的話，無疑是社稷之福，百姓之福，朕也少生些氣。”
“臣相信，會有那么一天的。”
畢自嚴回道。
“皇爺，巡城御史張四知已被押到。”
外面的錦衣衛這時候進來稟報道。
朱由校因此道：“押進來！”
沒多久，張四知便被押了進來，匍匐在朱由校面前。
朱由校則冷冷地看著他：“張四知，朕才公布的新問刑條例，你看沒看？”
“看了。”
張四知哆嗦地回道。
朱由校接著問道：“那你為何還做出這樣的事來，朕問你，你是倭奴的狗，還是我大明的官？”
張四知顫抖著回道：“自是大明的官。”
“既是大明的官，為何倭奴犯事不懲處，反而無故拿本國漢家子民！”
朱由校桌子一拍，喝問道。
張四知直接磕起頭來：“陛下饒命！倭奴素來好勇斗狠，一旦逼急了，容易鬧出大的事端來，臣也就不敢十分的管，至于本國漢家子民，臣也只是嚇唬嚇唬他，免得他以后又招惹到倭奴來，臣做的不對，請陛下指教，臣一定改！”
朱由校冷笑起來：“朕看你就是一天生沒骨頭，不知道站著是什么感覺的，來人，將他拖下去，腿打斷！連倭人都不敢得罪，那還當什么御史！”
“是！”
錦衣衛便將張四知拖了下去。
“陛下恕罪！求恕罪啊！”
張四知因此大喊了起來。
接著，張四知又朝畢自嚴喊得：“元輔，替下官說說話吧，嗚嗚！”
畢自嚴見此喝道：“說什么，陛下對你已經是從寬處罰了，也就因為陛下仁善，剛改了問刑條例，漢人犯罪，從寬處理，說漢人能不殺就不殺，才只打斷你的腿，換做以前，早讓你見閻王爺去了！”
張四知一愣，忽然改變態度大罵了起來：“姓畢的，你這個儒門叛徒，鼓吹什么漢家至上，華夷有別，你這是背叛圣教！欲讓陛下對外行以霸道之事，而非我儒門孔教所提倡之王道，我有今日下場，就是你蠱惑圣上所致！”
畢自嚴沒想到張四知還是儒家衛道士，是自己思想上的反對者，也就干脆轉身拱手道：“陛下，張四知恐有貪墨嫌疑，據臣剛才看了宗室朱以海等的密本所知，天津工匠唐有山進京是乘了馬車的，想必張四知是見他能乘馬車，而以為他有錢財可敲詐，故而才抓了他，不然，就算他再如何認為外番不可欺，也不會無故冤枉一平民，畢竟儒士就算再對外唯唯諾諾，但對老百姓還是應該愛護的，除非是背離了孔孟之道，而只知魚肉百姓的偽君子。”
朱由校因此看了張四知一眼。
而張四知則立即閉了嘴，心里后悔至極，心道：“不該罵畢自嚴啊，能做首輔的到底是不簡單，居然瞧出了自己的心思，而因為自己一時冒犯，三言兩語就讓自己的下場變得更慘。”
朱由校這時候已經因此吩咐道：“著令東廠嚴查，先抄其家，家產賞賜給戍邊將士，若有貪墨，全族流放新設之北山布政司，本人剝皮實草！”