他用絕對的力量，建立了恐怖的暴力統治，就在他要一統世界只是，北斗神拳的另一個傳人，拳四郎出現了，將拉奧擊敗，最后一刻，拉奧用自己全部的力量，打穿了籠罩在蒼穹之上的核塵埃，使得環境開始變得適合人生存。
動亂就此結束了，人們在廢土上開始建立城市，建立國家，繁衍生息，古老的神秘力量也開始復蘇。
除此之外，因核輻射的緣故，人類的基因發生了某種改變，或者說是古老的隱藏基因被激活，使得世界上誕生了一批能力者，能力者生而強大，因效果不同，被分為五個級別，從一級到五級。
有強大的能力者為了維護能力者的利益，成立了變種人學院，也有人為了研究清楚能力者的能力的秘密，建立了名為學院都市的存在。
和平一直延續了五十年，就在所有人都以為和平還會繼續延續下去的時候，一群奇異的人突然來到了這個世界。
那群人，以遠超這個世界的力量以及科技手段，在短短的時間內，便統治了這個世界，所有具備超凡能力的人，都被抓了起來，進行慘無人道的研究。
那群人自稱輪回者，強大的力量，先進到不可思議的科技手段，使得世界再次陷入了恐怖統治。
在輪回者的力量面前，沒有任何人可以反抗，以往在普通人眼力，宛如神一般的人，也只能淪為為牢籠里的小白鼠。
輪回者肆意的在這個世界座著試驗，也對這個世界造成了毀滅性的打擊，留下了無盡的罪于惡。
直到有一天，輪回者里那些宛若神魔一般的人物，卻是突然消失了，只留下了許多弱小的輪回者。
一場革命，就此轟轟烈烈的展開，曾經被輪回小白鼠的能力者，與靠修行的方式獲取超凡力量的人，聯合起來摧毀了輪回者的統治，也獲得了輪回者所留下的大量技術成果。
靠著輪回者的遺留，在二十一世紀末，一連誕生了四個霸主，這四個霸主，按照舊往的等級劃分，都是八級的存在，被稱為神主！
其中東之霸主，北斗神拳的傳人，終結了二十世紀末霸主之人，堪悟天命境界，把握造化，拳術通神，在遙遠的東方，建立起了北天圣門。
西之霸主，乃是一個大魔術師，名叫遠坂時臣，他獲得了輪回者的關鍵技術，溝通了根源之惡，化生萬惡之源，一舉成為lv8級神主，在西方建立起了罪惡之國。
南之霸主，是一個原都市學院的lv5能力者，御坂美琴，在輪回者的統治破滅之后，她獲得了一部分封神技術，靠著自己的百萬克隆體，點燃神火高舉神座，一舉封神，于世界以南建立了自己的神國。
至于最后的北之霸主，曾經是一位和善的老人，很多人都親切的稱呼他為光頭教授，不過在輪回者慘無人道的試驗之中，光頭教授性情大變，人形被徹底磨滅，只余最純粹的神性。
化作無情神邸的老人，滅度蒼生，認為人性只是阻礙人進步之物，在世界以北建立了一方無塵之地。
在動蕩毀滅以及新生之中，迎來了二十一世紀的終末，以及之后，四位神主，長達百年的爭斗。