隨著萊姆市市長的陰謀曝光，PCL的罪惡實驗被市長之子大義滅親揭露，萊姆市的危機也終于宣告解除了，雖然真正的黑手，富士麗娜并沒有被逮捕歸案，但由于此事鬧得很大，再加上萊姆市神探古德曼父子倆的神助攻，為此案增添了更多證明此次恐怖襲擊事件還與另一個神秘組織有關的證據。
往生會，以及必然與往生會有關的富士麗娜，終于映入世界寶可夢聯盟高層眼簾，進而也走進了國際刑警組織的視野。
此事是大勢所趨，已經無法避免，不可阻擋，就算世界寶可夢聯盟和國際刑警組織之中也有往生會安插進的內鬼，他們也毫無辦法。
好不容易讓世人淡忘自己的往生會，現在正在被逼慢慢浮出了水面。
夏伯和超哥，這兩個本來暗暗相約好再也不打擾彼此生活的“兄弟倆”，現在一個為了友人的孫女，一個為了這世上唯一的同族，他們都決心將往生會和富士麗娜追查到底。
本來黎明是不打算讓夏伯這個老人摻和進往生會的事，卻不想到因為麗娜，他不得不為此深陷其中，也算是為了還富士老人的人情，以及對得起自己還有一顆善良的心，黎明又一次故意引導他們去神州做調查。
如此一來，夏伯和超哥必然會去調查長安市歸墟遺跡的往生之塔，黎明也進而能找機會給兩人打上關主烙印。
至于給他們倆個做靈能標記，黎明是萬萬不敢的，就超哥這驚天動地的精神念力，他根本做不了手腳。
此外，由于萊姆市的破壞很嚴重，所以原本在萊姆市舉辦的活動也被迫取消了，黎明本來代表參加的皮卡丘培育展示大賽也自然位列活動取消的名單中。
因此，黎明和菊總也都可以回到各自的日常當中。
黎明的航班比菊總的要晚上一些，所以黎明現在機場送別了菊總，臨走前，黎明受寵若驚的得到了菊總一個略帶羞澀的擁抱。
為了回應菊總的謝意和勇氣，黎明也在僵硬了兩秒之后，人生第一次那樣主動，在菊總松手之際，他反手將對方拉進了自己懷里，回以了更加熱烈的擁抱，仿佛恨不得將自己與對方融為一體，貪婪的吸入著菊總頭發和肌膚的芳香……
送菊總檢票之后，黎明也有些木訥的拖著行李離去。
路過的人，每當看到那拖著行李向另一個登機口去的英俊青年，無不搖頭。
“可惜了，挺帥的一個人，怎么笑成個傻子。”
卟咕！
黎明的手機響起了水信收信的提示音，打開一看，黎明合不攏嘴的笑臉頓時垮了下來，老臉浮現微微的尷尬。
菊總：你剛才抱得太用力了，下次再輕點。
菊總：
有嗎？真的很用力嗎？
黎某人表示自己擁抱經驗豐富，他平時抱住拉達就是差不多這個力道的，小家伙還覺得不夠力呢。
……
回到關都真新鎮以后，黎明受到了早就在研究所門口等候的眾人的歡迎。
“歡迎回來！”大木博士、青綠、小藍等人都向黎明和隨行的拉達它們發射了禮花彩帶，異口同聲的熱烈高呼，一副非常隆重的樣子。
“額，什么情況？”黎明被氣氛感染，莫名高興，但也覺得莫名其妙。