突然遭受襲擊讓城內的西班牙人無法形成有效組織，亂象發生在每一個街頭巷尾，人們互相爭斗廝殺甚至不分膚色種族，有仇報仇有怨報怨，沒有人是安全的。
就連曾習舜也控制不住這一切，直至武裝廣場上大教堂的鐘聲響起，西班牙人才終于組織起有效防守，并指派各個小隊深入街巷營救被困各處的西班牙人。
那些瘋狂的原住民不管明軍，他們有自己的行動目標，有些人趁此時機仇殺報復，在搶奪中撈上一筆，這些人不敢攻擊明軍、明軍也不去理會他們，狹路相逢他們便向明軍尚未去到過的地方躲避，進行下一次報復。
但在印第安人聚集的地方，他們有各自的首領，甚至擁有極為清晰的主張。
在墨西哥城久負盛名的西班牙王室絲綢廠，超過四千名原住民織工殺死西班牙管理者，從他身上扒下中國絲綢衫做成旗幟，高呼著末代皇帝瓜特穆斯之名向大教堂進軍，他們要向每一個西班牙人復仇。
但更多人不像他們這么勇敢，盡管都受盡了欺壓，絕大多數原住民還是會關閉房門觀望，并向羽蛇神與耶穌祈禱這場混亂不要影響他們的生命。
沒有清晰主張，即使數量龐大也只是一群烏合之眾，在這一點上即使西班牙人比他們少得多，還是占有巨大優勢。
大教堂外的武裝廣場上，留守西班牙軍士長集結兵力組成方陣，步兵軍團這種在舊大陸替代封建馬下騎士的新組織形式在面對這種情況時擁有幾乎完美的抗壓能力，任何一個西班牙人只要端起長矛拿起火槍，就是很好的方陣兵。
再加上一部分懵懵懂懂在混亂中不知該做什么的混血士兵天然臣服，若沒有外力介入，即使再壯大的反叛隊伍也無法取得最終的勝利。
可西班牙軍團之前高舉大旗發號施令的軍士長在曾習舜率部接近大教堂時便被殺將銃從二百步外集火射擊打成篩子，然后是接替大旗的方陣長、首席教士、連隊長官。
每一個想要去舉起那面新西班牙大旗的人都將在舉起旗幟時被火槍殺死，當最后一名披著胸甲的修士死在旗下，由普通市民組成的方陣亦搖搖欲墜，從第一名士兵丟下長矛逃走開始只用了不到五分鐘的時間，整個方陣分崩離析。
自墨西哥城逃亡東海岸的西班牙人被原住民追殺，爭搶湖上的獨木舟與槳帆戰艦，被淹死的不知多少，最終只有數百人成功逃出湖心巨城，但這座宏偉城市的亂局并未因西班牙人的離開而重歸平靜。
趕走殖民者的原住民又將惡意的目光盯上仍舊留在城內的明軍與自己人，僅僅渡過一個令人疲憊的夜晚，他們開始在明軍休息的大教堂縱火、在關于食物的事情上搶奪，并試圖偷走搶奪明軍的火器。
與原住民比起來，曾習舜的部下太少，根本不足以鎮壓這座殺紅眼沒有絲毫理智的城市，盡管原住民對他們的惡意并未形成高烈度的戰斗，但這種情況很明確地透露給曾習舜一個危險的訊號。
如果繼續留在這，他們將無法活著走出這座城市。
這些人的做法讓曾習舜非常明顯地感覺到他們的想法，就好像趕走城里的西班牙人后再趕走城里的明朝人，這座城市就能永遠屬于他們一樣。
曾習舜帶著巨大的防備在攻占墨西哥城后的第三天夜里退出這座城市，而就在他離開的第二天，一支來自東海岸的西班牙守軍部隊兵臨墨西哥城下。
與此同時，舊大陸的阿爾瓦公爵率其強大艦隊登上東海岸。