這一支完全由改造人形成的部隊擁有強大的作戰能力，雖然數量少，但每一個都擁有海軍本部中將的實力，絕大部分都掌握著見聞色和武裝色，甚至還有不少擁有強力的惡魔果實。
不過雷神海賊團這邊的實力同樣不容小覷，高科技戰斗服的普及令雷神海賊團這邊的人戰斗力大增，還有一支神秘的野獸部隊，加上還吸收了百獸海賊團的人手，仗著本土作戰優勢，跟世界政府打得有來有回。
一時間，兩方勢力針鋒相對，不斷消耗著雙方的有生力量。
而有趣的是，雙方的頂尖戰力遲遲都沒有投入戰斗，雙方似乎都一直保持著克制，沒有一開始就展開大決戰。
就這樣，海圓歷1516年下半年就在這斷斷續續的戰爭中過去了，新的一年來臨。
......
時間飛逝，一轉眼的時間，兩年過去了，時間來到海圓歷1519年。
這兩年來，雷神海賊團與世界政府仍然處于戰爭狀態，大大小小的戰斗加起來起碼有數百次，雙方都在戰爭中損失慘重。
但有人死去，也有人趁勢崛起。
曾經一直隱藏在黑暗中的CP0六巨頭紛紛粉墨登場，他們每一個都擁有不下于海軍大將的實力，不過已經有三人隕落，都是由巴爾親自出手擊殺掉的。
強化人的首領也展現出強大的戰斗力，單憑體術和霸氣就擁有海軍大將的實力。
雷神海賊團這邊，艾斯崛起，這位海賊王的子嗣通過戰爭磨煉，實力突飛猛進，短短兩年的時間就完成了惡魔果實覺醒，還掌握了霸王色纏繞，短時間，他甚至能夠與海軍大將青雉抗衡。
妮可羅賓、潤媞、山治等一大批擁有優秀潛力的雷神海賊團干部也紛紛打出自己的名頭。
最后，巴爾一直命人研究的生物兵器終于通過殘酷的優勝劣汰誕生出了數頭擁有海上皇帝實力的野獸。
海圓歷1519年6月的某個晚上，雷神殿中，坐在王座上的巴爾緩緩睜開，輕聲道：“時候差不多了。”
與此同時，新世界，某個充斥著大量恐怖奇特野獸的空中島嶼上，金獅子正在島上一座宮殿與白胡子對席而坐，兩人在月色下喝著酒，然后先后扔碎了酒碗。
G5基地，新海軍元帥辦公室中，新海軍元帥布蘭多緩緩消失在房間中，剩下一套華麗的制服。
新世界的某個島嶼地下，一尊巨大的和平主義者本該繼續保持著沉睡，但眼睛卻突然亮起兩道紅光，徹底蘇醒。
圣地瑪麗喬亞地下，某個房間中，一個戴著王冠的身影也突然從沉睡中醒來，他發出一聲輕嘆，然后身前出現一道空間裂縫，走了進去。
不久后，一艘巨大的飛船神秘出現在圣地瑪麗喬亞的上空，它正是一年前神秘在羅格城中消失的方舟箴言。
它一次性，圣地瑪麗喬亞的天空就迅速烏云密布起來，一大片雷云將圣地瑪麗喬亞方圓十幾公里的天空完全覆蓋住。