面對李建成和李世民的對立關系，李淵幼子李元吉經常火上澆油。他的能力遠不如李世民。他認為，不協助大哥建成把二哥世民壓制下去，就不會有自己的地位。同時他還隱隱約約地暗藏著一種野心，即倘若運氣好的話，或許自己也可以坐上皇帝寶座。因此他秘密豢養勇士，尋找各種機會圖謀刺殺二哥李世民。另一方面，李建成則在關鍵時刻缺乏決斷能力，他只是利用皇太子的地位，通過后宮的女性們來給高祖吹風，以達到除掉李世民的目的地。
作為父親的唐高祖的做法則一貫是敷衍了事。高祖曾經在口頭上說過要立李世民為太子，而在立李建成為皇太子以后，高祖又不斷地提升李世民的地位，任命其為“天策上將”、“陜東道大行臺尚書令”等職位。前者“天策上將”乃新設的位子，其地位在王公之上，與皇太子并列；后者乃負有統轄“陜東道”即山東(關東)地區的民政、軍事等全權的最高長官。看到這些情況，皇太子一方自然感到恐慌，雙方處于一觸即發的狀態。
兩大勢力以長安為舞臺明爭暗斗的結果，終于迎來了武德九年(626)六月四日的早晨。
在此前一天，李世民決心已定，遂向高祖密奏說：皇太子李建成和李元吉與后宮的女性有不正當的關系，他們**后宮并企圖利用這種關系欲致我于死地。高祖聽后回答說：這還了得！明天朕找他們問話。
事已至此，只有孤注一擲。李世民第二天早上遂率領親兵，首先控制了宮城北門玄武門。隨即向遲來一步的皇太子以及李元吉發動了進攻，在激戰之中建成和元吉二人被殺。其后，李世民一邊防備著皇太子和元吉死黨的反攻，一邊派遣心腹尉遲敬德到高祖身邊，以武力鞏固了勝利成果。
就這樣，李世民僅僅以一天的工夫便除掉了敵對的兄弟，并奪取了父親的實權，將全部權力攬入掌中。這就是歷史上著名的“玄武門之變”。數日后，李世民成為皇太子，兩個月以后的八月，李世民登上了皇帝的寶座，那唐太宗。當時，他很年輕，虛歲只有二十九歲。
若僅僅從結果來看，恐怕今天的大多數人都會認為，這只是一場兄弟之間圍繞繼承人的爭斗、或者說是權力斗爭的最終結果；屬于唐代皇帝更替之際屢見的類似沖突的第一例，他們彼此在政治路線方面并不存在大的對立。
但是，還有一種意見認為，六月四日這個日子正與突厥前來進犯的時間重合。當時，一個借口討伐突厥，實際要削弱李世民的兵力并借機殺害李世民的陰謀正在緊鑼密鼓的進行之中。李世民知道這種情況以后，先下手為強，其結果便導致玄武門之變發生。由此可以推測，玄武門之變的發生，似乎并非僅僅只有內部的原因。
與此同時，這件事還讓我們聯想到兩派都非常在意的“山東豪杰”的存在。到了最后一個階段，李世民一方終于與山東豪杰聯起手來。皇太子李建成方面則對于這一狀況非常警戒。我們知道，隋文帝后期出現的皇太子與晉王(煬帝)的對立，其實也是政權究竟以關中為中心，還是以洛陽為中心的路線之爭。倘若聯想到即位以后唐太宗(李世民)的各項政策方針等來綜合考量，我們就會發現，其與玄武門之變時諸事重疊之處甚多。
綜上所述，玄武門之變固然有兄弟圍繞繼承人地位之爭的一面，同時另一方面，也正是關乎唐朝以后走向的一次重大路線之爭。