驚奇隊長本名卡羅爾·丹弗斯，原來是美軍的試飛飛行員。但在配合威爾博士試飛最新型的飛行器的時候，遇到了外星人的襲擊。
最后為了保護威爾博士制作的光速引擎不被壞人奪走，她開槍打爆了引擎，卻沒想到引擎爆炸的輻射改變了她的身體，讓她獲得了強大的能力。
不過因為巨大的沖擊波，她的大腦也受傷失憶了，被克里人抓到外星球。克里人為了騙取她的信任套取威爾博士的其他情報，就騙她加入克里星的特種部隊，但事實上驚奇隊長是地球人。
47暗中觀察，看到驚奇隊長那拽拽的樣子，心想這年頭能成為飛行員的女性確實不簡單，但也不用表現出來吧。
驚奇隊長來到地球之后有一些零星的記憶恢復了，她要做的就是找回自己的記憶，想起自己和地球到底有什么關系。
一路上順便打打怪。
尼克特工第一次遇到外星人，非常吃驚，不過他很快就冷靜了下來。他首先想到的是自己不用失業了，有來自外太空的敵人代替前蘇聯，簡直不要太好。有了敵人，神盾局就有用武之地了。
尼克因為車禍追丟了敵人，不過他很快找到了驚奇隊長的記錄，美國飛行員，六年前空難去世，只找到了半塊狗牌。
但顯然她起死回生了，而且還活奔亂跳，變成了有超能力的厲害角色。尼克帶回了外星人尸體，非常有說服力，讓高層認識到了人類不是宇宙中唯一的生命，并且外星人已經來到地球了。
其實外星人從來沒有間斷過拜訪地球，都是正常操作，只是人類不知道而已。
上級很重視這件事情，讓尼克去找卡羅爾·丹弗斯了解情況，問問她到底發生了什么事情。
尼克很快就找到了正在朝沙漠趕去的驚奇隊長，并且從她那知道了會變形的斯庫魯斯人的信息，包括斯庫魯斯人變身能獲得目標的短暫記憶。
要分辨的話，就要問一些久遠的陳年舊事。
兩人取得了信任，尼克幫助丹弗斯進入了進行天馬計劃的空軍基地。
威爾博士是天馬計劃的主要負責人，她死了以后計劃就已經停止了，只有士兵看守基地。
47自然不可能光明正大進入基地，他只是躲在外面觀察。天馬計劃包含了很多先進飛行器的設計，甚至連f22隱形戰斗機都是天馬計劃的產物，這個基地里有很多資料也有很多原型機。
“有機會一定把這些原型機都買回來。”47喃喃自語，在這個國家有錢什么都買得到。
尼克特工在基地聯系了自己的同事，很快神盾局的特工就來了，只是尼克沒想到神盾局已經被無孔不入的外星人入侵了。
斯庫魯人的變形能力真的非常可怕，只需要用目光鎖定目標就好了，不需要接觸也不需要特殊條件，只要看一眼就能變形，還能得到短暫的記憶，簡直是殺人越貨打家劫舍的必備技能。可惜這是種族天賦，別人學不來。
于是尼克和驚奇隊長在基地里展開了一場追逐戰，最后兩人成功開走了一架原型機逃脫，并按照基地里的原始記錄去找驚奇隊長往日同事。
驚奇隊長找到了一張合影，有威爾博士，有她，也有同事，無數記憶碎片在腦海里回想，現在只需要找一個知情人幫驚奇隊長將記憶重新組合起來。
在同事家，驚奇隊長終于回憶起了一切，也終于想起來她是被克里人欺騙了，她是根正苗紅的地球人，才知道原來克里人才是大反派，而不是斯庫魯人，是克里人入侵了斯庫魯人的家園，趕盡殺絕。