新的企劃公司的名字和第一個企劃確定下來之后，相關的籌建工作便有條不紊地繼續展開著。
電視上，《命運石之門》這部動畫也繼續以每周一話的速度播出著。
和不少人猜測的一樣，真由理并沒有徹底被拯救，雖然第十五話和第十六話，連續兩話一次都沒死過，但第十七話的開頭，真由理又死了。
死因是SERN的那些人沖進研究所，一槍將她打死的，只不過死亡時間推遲了一天。
當然，死之前也少不了那句臺詞：“啊咧？真由喜的懷表停了，好奇怪啊，明明剛剛上過發條的。”
真由理死后，男主自然又一次利用時間跳躍機器穿越回到過去。
不過這一次，他第一時間就找上牧瀨紅莉棲，向牧瀨紅莉棲請求幫助。
牧瀨紅莉棲得知情況后，先是朝男主說了一句：“你不斷重復時間跳躍，無數次地經歷那個瞬間...很痛苦吧？”
之后，她幫男主分析情況，分析過后，得出一個結論：想要移動到β世界線，就必須得到IBN5100，但IBN5100之前還在的，是因為發送了D-MAIL才消失的，所以，說不定只要逆向消除之前發過的D-MAIL，就能重新獲得IBN5100。
接下來的展開，也如網友們所猜測的那般，基本上是一話一個故事，更具體地說就是男主為了逆向消除D-MAIL所做的事。
首先是要消除菲利斯的那封D-MAIL，但糟糕的是，男主根本不知道當初菲利斯發的那封D-MAIL的內容，只能跑去找菲利斯。
菲利斯剛剛贏下一個比賽，但比賽結束后，對手因為輸了比賽不甘心，要報復她。
男主的出現，算是幫了菲利斯一把，盡管他被揍得很慘，最后是菲利斯的父親趕到才能成功脫險。
在和菲利斯一起被追趕的途中，男主將另一個世界線秋葉原的情況告訴菲利斯，還帶著菲利斯去了另一個世界線的女仆咖啡廳MayQueen所在的地方，讓菲利斯漸漸地回想起另一個世界線的事情。
D-MAIL的內容也被她記了起來，不過，那封D-MAIL居然是要讓她十年前去世的父親復活。
一旦這封D-MAIL被消除，秋葉原會恢復，但她的父親也會...
菲利斯的父親是個很好的人。
在菲利斯家里面，男主再次詢問起關于IBN5100的線索。
菲利斯父親說，原本IBN5100是橋田鈴交給他，讓他幫忙保管的，但很久以前有一次，菲利斯被綁架，偏偏他的公司規模還沒現在這么大，根本湊不出贖金，剛好那時候，有人表示要高價收購IBN5100，所以他就出手了。
之后，男主跟菲利斯在房間里面單獨相處。
在確認過不消除D-MAIL，真由理真的會死之后，菲利斯告訴了男主她被綁架的真相。
“十年前，我八歲生日的時候，跟爸爸說好了一起出去玩，但是爸爸因為工作而沒能去成，雖然是沒辦法的事情，但我卻感到十分寂寞，以為爸爸是不是不再愛我了，還說了‘再也不理爸爸了’，‘爸爸去死就好了’這樣的話，然后...這竟然成了跟爸爸最后的對話。”
飛機失事，她的父親就是死于那場事故之中。
為了改變父親死亡的過去，她就發了D-MAIL到十年前父親的手機上，內容是：“女兒在我手里。贖金一億。去乘新干線。”
講訴完真相，菲利斯便將自己的決定告訴男主：她會發送消除之前的那封D-MAIL的郵件。
“已經...是時候從夢中醒來了。”菲利斯含淚說道。