之后，她又去了實驗室，做出了在這個世界線本應不存在的時間跳躍機器，靠著這個機器回到男主消失前一天的晚上，成功找到男主。
明明在某一個世界線，牧瀨紅莉棲才說過絕對不會嘗試時間跳躍，現在卻為了男主，自己進行了時間跳躍。
雖然找到了男主，但男主卻時而存在，時而消失。
牧瀨紅莉棲很快就反應過來：岡部倫太郎的存在被抹除了。
還沒等她想到解決的辦法，一個電話打了過來，把她叫了出去。
打電話給她的，正是之前給過她提醒的神秘人，而這個人，居然還是阿萬音鈴羽。
阿萬音鈴羽說明關于男主的情況的時候，正好男主出現。
三人一起商量，阿萬音鈴羽告訴牧瀨紅莉棲，想要拯救岡部倫太郎，必須利用時間機器回到過去，但男主拒絕了，還讓阿萬音鈴羽回到未來，把時間機器毀掉。
等到跟阿萬音鈴羽分開，男主跟牧瀨紅莉棲走在外面。
男主讓牧瀨紅莉棲忘記他，卻在牧瀨紅莉棲嘴上親了一下。
牧瀨紅莉棲回親了一下，然后，兩人各自回去。
第二天，快要消失的時候，男主才給牧瀨紅莉棲發了一條道別的郵件，牧瀨紅莉棲看到郵件之后，終究還是忍不住跑去實驗室找男主，中間因為跑得太快還摔了一跤，然而，好不容易跑到實驗室，剛剛看到男主，還沒來得及將她的心意告訴男主，男主就消失了。
牧瀨紅莉棲哭了，第一時間就想將時間跳躍機器搞出來，想回到過去，只是被真由理阻止。
爾后，因為缺少了男主，實驗室漸漸地有些維持不下去。
牧瀨紅莉棲雖然決心要尊重男主的意愿，但還是忘不了男主。
某個晚上，她在外面，阿萬音鈴羽又找上她，告訴她，未來的時間機器就是她制造出來的，但是雖然造了出來，卻從不使用，也不讓任何人使用，說她一直都處在矛盾與痛苦之中。
在阿萬音鈴羽的勸說之下，牧瀨紅莉棲跟她一起坐上了時間機器，回到05年，也就是男主小的時候。
想依靠向男主腦中植入強烈的記憶，“欺騙”男主，從而拯救男主。
不過，雖然回去了，但第一次卻失敗了。
經歷了失敗的牧瀨紅莉棲，也明白了男主曾經經歷的痛苦，明白了那種什么都拯救不了的無力感。
她想要放棄，不過在跟實驗室的眾人一番交流之后，她又重拾信心，再一次坐上時間機器，再一次回到05年。
這一回，她成功了，在車站的月臺上見到了小時候的男主，在男主失落的時候，跟男主說了一些話：
“你知道...鳳凰院...兇真嗎？”
“是個科學家，而且不是一般的科學家，是狂人科學家，瘋得簡直無人能及，說話做事都顛三倒四，周圍的人一直笑話他。”
“他說的話，他的研究以及他的發現，都被大家無視，很不巧，他發現的東西只有他自己能察覺，他還發現，那東西會讓人陷入痛苦，受到傷害，甚至會讓世界破滅，于是他拼命地試著保護大家，為了拯救世界，無數次地，不停歇地戰斗。”
“終于，他成功保護了所有重視的人，但卻沒有人知道他做的這一切，狂人科學家還是狂人科學家，大家還是一直笑話他。”
說完這些話，她還捧著小時候的男主的臉，朝嘴上親了一下。
TV那邊，男主跟女主第一次親的時候，說過不是初吻，可事實是，他的初吻就是女主牧瀨紅莉棲的，只不過他自己忘記了。
……