工藤新一的鄰居阿笠博士，一個獨居的天才發明家，在柯南的眼里是一個很能整活的人，比如和他的爸爸媽媽一起裝成黑衣組織成員綁架他，然后被警察叔叔以綁架兒童、擾亂社會治安、占用警力資源等罪名被拘留。
但柯南是真的想象不到，等到盂蘭盆節假期結束后，開學的第一天阿笠博士就給他又整了個大活。
也就是班上新的轉學生，現在坐在他的面前，將將自己的身世娓娓道來的小女孩。她現在的名字叫做灰原哀，過去的代號是雪莉。
“……，無處可去的我，只能仰賴工藤新一你一個人了。”小女孩坐在沙發上，淡然的說道：“我想同為組織叛徒的你，一定會理解我的。”
“開什么玩笑！”柯南憤怒的爆發了：“我怎么可能會理解你這個制造殺人毒藥的……等下，你剛才說‘組織叛徒’？”
“啊啦？”灰原哀還有些奇怪柯南的反應：“拒絕繼續研究、吃下這個藥物逃出組織的我，已經毫無疑問是叛徒了吧？”
“這我當然知道，但‘同為組織叛徒’是什么意思？”
“你該不會以外這是能瞞過去的事情吧？”灰原哀的表情有些嘲笑：“組織交給我的名單可是清楚的寫了：工藤新一，狀態不明，需要確認其是否死亡，備注——原為組織成員，因背叛被處決，也許與FBI或其他情報機構有聯系。”
“納……納尼？”
柯南一臉懵逼。
“新一！”柯南身后的阿笠博士也叉著腰，低頭氣呼呼的看著他：“小哀告訴我這件事的時候我也很驚訝，你居然連我都一起瞞著！”
“你現在給我說清楚，你到底是什么時候臥底到那個組織的？優作他知道這件事嗎？”
畢竟是自己看著長大的孩子，阿笠博士向下以工藤新一的身份當然不可能是‘真酒’，他很快就認為工藤新一為了某個原因作為臥底加入了黑衣組織。
“不是，等等……”柯南都不知道他應該從哪一條開始否認了，語無倫次揮舞了半天手，才整理出頭緒來：“我根本就沒加入過那個黑衣組織啊！那天在熱帶公園是我第一次遇到那兩人！”
“我都說的這么清楚了，還不肯承認嗎？”灰原哀有些疑惑的歪了歪頭：“明明對工藤新一的身份并不否認，那就并非是對我的身份感到懷疑了。”
她看向柯南身后的阿笠博士：“你百般否認的原因，難道是你對博士不能信任嗎？”
“柯南——！”阿笠博士叉著腰，低頭看著柯南：“我要生氣了哦！”
說著，阿笠博士像河豚一樣鼓起了腮幫子。
“我當然很信任你了博士！我變小的事情可是第一時間就告訴你了！”柯南轉身安撫已經氣嘟嘟的阿笠博士：“但我的真的沒有加入那個組織啊，我怎么可能會加入犯罪組織呢！”
“喂喂，你這該不會是挑撥我和博士之間關系的離間計吧？”柯南回過頭又看向灰原哀：“還是說組織是不是弄錯了什么，所謂的組織叛徒應該是名單上面或下面的那個人，寫名單的人弄錯了行吧？”
“你還真是嘴硬啊，大偵探。”灰原哀嘆了口氣，感到無趣的擺擺手：“算了，你說是就是吧，就當做是琴酒搞錯了吧。”
“喂喂，你這根本就是不信啊……”
算了，柯南不想和這個組織里逃出來的藥物研發者浪費口水了，他轉身看向阿笠博士，博士的看法才是最重要的。
博士與灰原哀如出一轍的擺擺手：“你說是就是吧，就當是那個組織搞錯了吧。”
“你們信我啊！”
柯南絕望的栽倒在沙發上，思考該如何證明自己不是臥底更不是叛徒……不對，是證明自己根本不是黑衣組織的成員。
這時，他身上的手機響了。
應該是小蘭催他回家吃飯吧，這樣想著，柯南看也沒看就接通了電話。