首先從柯南表小的那一刻開始，柯南的所有時間線就都混亂了，所以柯南變小的這一刻開始就設定為柯南元年。
柯南元年，19年前宮野艾蓮娜與丈夫一起加入黑衣組織隸屬的實驗室開發A藥。
柯南元年的17年前，羽田浩司案發生。
同年，赤井務武失蹤。
同年柯南等一眾主角出生。
柯南元年10年前，赤井一家人在海灘上遇到了工藤新一。
柯南元年7年前22歲的萩原研二殉職，這里增山遠改變了劇情，直接抓住了炸彈犯救下了研二，研二沒死松田也就不會在柯南元年的3年前去到搜查一課，也就不會死了。
柯南元年5年前，赤井秀一為了秘密調查黑衣組織化名“諸星大”，佯裝被組織成員宮野明美駕駛的汽車撞傷，與明美相識后與之交往，利用這層人際關系認識了她的妹妹——組織中擁有頂尖頭腦的科學家宮野志保，成功打入組織內部。
柯南元年4年前，諸伏景光和世良真純在車站站臺相遇，同年在組織殉職。
柯南元年2年前，FBI開展秘密逮捕琴酒行動，因為安德雷·卡邁爾的失誤，導致行動失敗，赤井的臥底身隨之暴露，逃出組織回到美國。
柯南變小以后的時間線就沒這么清楚了，只能從漫畫里黑衣組織出現的情節來判定，這里就不考慮動畫的魔改了。
變小以后，柯南第一次和黑衣組織接觸是在列車上，這次柯南得知了琴酒和伏特加的代號，然后是遇到了龍舌蘭，然后是十億日元劫案，然后是宮野志保變成灰原哀，然后是皮斯科的劇情，然后就進入了滿月篇（貝爾摩德變成新出醫生以后都算滿月篇）后續就不說了，大家應該都知道了。
最后是主角的時間線，主角和安室透這些警校五人組同齡，比赤井秀一小三歲。
柯南元年11年前，笛口晟為了滿足自己欲望開始綁架幼女。
10年前，主角的姐姐被當做替罪羊抓了起來。
隨后主角考入警校，在畢業后考取了公務員。
柯南元年7年前，主角22歲的時候進入了公安，并救下了研二，救下研二的劇情只是點了一下，關系到后面一個伏筆，沒有細寫。
柯南元年3年前，主角26歲升任警視，成為了警備二課的最大領導，同年花間宮子入職。
幾個月后，柯南元年2年8，9月的時候，主角去了群馬縣調查池田松。
柯南元年1年前，主角抓到了池田松，回到東京，開了寵物店，劇情正式開始。