擅長發明、冷笑話、字謎的阿笠博士的高智商對破案不感冒，只得在旁問道：“哪里奇怪了，新一？”
“從彈殼的分布位置和現場狀況可知，四把手槍是在同一片區域射擊的，而且不是相互近距離對射，而是一致朝從后花園入侵的襲擊者射擊。”柯南在自己手繪的平面圖上標注位置，“第一個疑點，襲擊者沒有在后花園留下任何彈殼，他們是如何在四把手槍的火力壓制下，將爆炸物扔上二樓，炸死枡山憲三的？”
阿笠博士猜測道：“額，因為早就在二樓設置好炸彈？”
“接著是第二個疑點，襲擊者是從后花園而來，原本在客廳開槍的枡山憲三，為什么要上二樓？”柯南這一次自己拋出猜測，“一般來想，他是要去樓上拿很重要的東西，或許是武器，又或許是別的東西……”
“唔~就算真有這種東西，也被襲擊者拿走了吧？”周遭居民聽聞爆炸聲后第一時間報警，但距離附近的警察趕來還有一段時間，足夠襲擊者在現場做很多事了。
“第三個疑點，現場彈頭和射擊痕跡太不正常了！”柯南在平面圖上畫出一個大圈一個小圈，大圈在客廳內，小圈在后花園，“彈頭和彈殼的數量對得上，現場的射擊痕跡卻少得很，彈頭還不知道為什么會出現在那種地方——簡直像是有人舉著一面盾牌進屋，幾乎所有子彈全招呼在盾牌上面一樣。”
很遺憾，柯南永遠不會知道這面盾牌的名字叫【殺手皇后】。
“唔……確實很奇怪。”阿笠博士苦思冥想，還是一無所獲。
（——第二個問題的話，我知道答案。）虛弱的女童音從后傳來。
兩人一回頭，只見面色病態般的慘白，用手扶著墻壁的小哀出現在門口，阿笠博士連忙道：“啊，你的身體還沒有恢復過來，不能下床的！”
小哀下一句話，讓阿笠博士停下腳步，“他上樓是為了殺掉我。”
“殺掉你？！你……你到底是什么人？”柯南震驚道。
“我是你所追查的組織的成員，代號‘雪莉’，”小哀輕喘幾口氣，服用APX4869引發的癥狀仍沒有消退的跡象，“——我是宮野明美的妹妹，帶我去見她，我會告訴你一切你想知道的事情。”
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米花町警察局不是不知道《十億日元劫鈔案》和《枡山憲三別墅槍戰案》大有文章，其中關鍵正是至今保持沉默的宮野明美，然而接到上級的指示，他們只能憋屈地將宮野明美轉交給日本法務省轄屬的諜報機關【公安調查廳】。
然而在轉移過程中，公安調查廳的車隊遭到襲擊，宮野明美被易容的赤井秀一救走，隨后受到美國情報部門【聯邦調查局】的無人身自由式的保護。
柯南和小哀因判斷黑衣組織會在路上截殺宮野明美，誤以為搶線人的FBI是黑衣組織而牽扯進其中。最終因現場情勢姐妹二人無法相聚、一同離開，但宮野明美知曉自己的妹妹已逃脫組織的魔爪（雖然不知道為何縮了水），小哀也知曉自己的姐姐受到男朋友的保護，各自松了一口氣。
——事件至此告一段落。
（備注：《與黑衣組織的再會》、《通向天國的倒計時》等事件受影響而不會發生。）