張俊私設公堂，向何元慶嚴刑逼供，毫無結果之下，竟捏造何元慶口供“為收岳飛處文字謀反”。岳飛在江州居留，為時甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”臨安府。十月十三日，岳飛被投入大理寺（原址在今杭州小車橋附近）獄中，此前其長子岳云也已下獄。
岳飛義正詞嚴地面對審訊，并袒露出背上舊刺“盡忠報國”四大字，主審官何鑄見此，亦為之動容。何鑄查得岳案冤情，如實稟告秦檜。秦檜卻說：“此上（高宗）意也！”改命萬俟卨主審此案。
萬俟卨用盡手段，也無法使岳飛三人屈招一字。岳飛寧死不自誣，乃至以絕食抗爭，經其子岳雷照顧，才勉強支撐下來。
十一月初七日，宋金“紹興和議”達成：由宋向金稱臣，承認淮長江以北的土地全部劃歸金國，并每年向金貢奉銀絹各二十五萬兩匹，同時視開平軍為兩方最大的敵人，要和力消滅他們。
和議雖已達成，但岳飛始終未能被釋放。萬俟卨等逼供不成，為了坐實冤獄，又為岳飛羅織搜剔了所謂“指斥乘輿”、“坐觀勝負”、“里通外國”等數條罪名，欲將岳飛飛一舉定為死罪。
大理寺丞李若樸、何彥猷以飛為無罪，與萬俟卨竭力爭議，均遭罷官處分。布衣劉允升上書為飛申冤，被下大理寺處死。已賦閑的張浚因岳飛入獄之事質問秦檜。秦檜回答：“岳飛于岳云與徐慶書雖不明，其事體莫須有。”
張浚忿然道：“相公，‘莫須有’三字，何以服天下？”
十二月廿九日（1142年1月27日），宋高宗下達命令：“岳飛特賜死。何元慶、岳云并依軍法施行，令楊沂中監斬，仍多差兵將防護。”
楊沂中把岳飛從大理寺提了出來，帶到了大理寺外后院的風波亭。他讓人拿來紙筆讓岳飛最后招工。岳飛哈哈大笑，在供狀上只留下八個絕筆字：“天日昭昭，天日昭昭！”
楊沂中嘆了一口氣道：“岳帥，對不起了，這是官家的命令，我也無法反駁，請岳帥和二位將軍走好！我楊沂中最敬重英雄，每到你們的忌日會來給你們少幾張紙。來人啊！行刑！”
隨著他的一聲命令，劊子手舉起了手中的鬼頭刀，岳云不服，還要掙扎，被岳飛狠狠地瞪了一眼：“逆子，死且死爾，汝要壞我的名聲也？”
岳云這才不敢動，老老實實的跪在那里等著人頭落地。
“嗖！啪！”一聲箭響，接著劊子手慘叫一聲，噗通栽倒，手中的大刀也當啷一聲落在地上。
“誰？”楊沂中嚇了一大跳，這怕什么還真就來什么。還真有人敢冒天下之大不韙來救岳飛，這是多到的膽子？這就是造反啊！
其實趙構也怕有人救岳飛可是給了楊沂中3000禁衛軍以防萬一。這可是在臨安，3000禁軍足可以讓大部分的人望而卻步。