帝王組織雖然在骷髏島受挫，可是在其他地方全面開花。
五年時間里，帝王組織在全球各地發現了許多怪獸并在此建立了帝王基地。
其中最為特殊的是一只蝴蝶形態的怪獸，十分的美麗動人，她那光潔照人的臂膀仿佛一面揮動的熒光板，華美而高貴。
如果說哥斯拉是怪獸中的王者的話，那她就是怪獸中的女神！并且她跟哥斯拉有些很深的聯系。
因此被帝王組織命名為“怪獸女神”摩斯拉。
原本摩斯拉是一只巨大的毛毛蟲，帝王組織也不是很重視。
直到一天馬克夫婦的女兒用奧卡喚醒了摩斯拉，隨即引來了哥斯拉，這對于帝王組織來說是破天荒的一遭。
還好哥斯拉并沒有任何沖動行為，對于基地沒有展開破壞行為，很快就消失在了深海之中。
可是芹澤博士則認為這只毛毛蟲怪獸對于哥斯拉來說有些不一般的關系，所以被側重關注起來。
近年來全球各地的核試驗越加頻道起來，導致了很多不為人知的怪獸被紛紛喚醒過來，對當地造成了不可彌補的損失。
而這其中就有兩只蟲形怪獸蘇醒大鬧全球，最后還是哥斯拉從深海中蘇醒打敗了它們。
隨著怪獸的存在被更多的人知曉以后，帝王組織的秘密也就不再那么神秘了。
全球各地都有無數人加入到這個組織來，預防怪獸。
也有人認為怪獸是自然對人類破壞自然的懲罰，派來解救地球的生態環境。
因此在帝王組織內部也被分成了兩派。
其中一派則認為怪獸是威脅人類安全的怪物，被稱為威脅論派；另一派則反對這個結論，反而認為怪獸是維護地球生態平衡的重要部分，他們則為自然派。芹澤博士則是自然派的代表人物，他的“自然法則”理論被驗真，得到世界肯定。
芹澤博士的世界觀則認為人應該跟這些怪獸和諧共生。他對自己所研究的生物有種敬意，信奉人類于自然共存的價值。
哥斯拉大戰穆托的災難來臨時，是他相信哥斯拉才是能夠維護自然平衡的關鍵，最終結果也證實他的觀點的正確性。因而，在這之后，芹澤博士成為各國政府所信任的權威專家。
哥斯拉在舊金山與兩只穆托掀起傾城之戰，羅素夫婦的兒子安德魯在災難中失蹤。此后，馬克離開了“帝王計劃”，因為他認為那些巨大的遠古神秘生物是毀滅性的存在，應該被消滅，而艾瑪依然堅持希望能與它們和平共存，然后通過它們，修復地球環境。
此外，他們對于“奧卡”將對世界造成什么樣的影響，也有巨大分歧，這些都促使這對夫婦漸行漸遠。
相對于芹澤博士的溫和，艾瑪.羅素則相對激進。
查爾斯利用艾瑪博士的這一點，讓她釋放這些地球的遠古生物。
她借助奧卡裝置試圖喚醒這些怪獸，并恢復他們的自由，以求它們回到自然界中維護自然生態平衡。
摩斯拉就是她釋放的第一只怪獸。
她的丈夫馬克博士試圖阻止這一切，可是晚了。
摩斯拉化繭成蝶變成了一只美麗的蝴蝶。一雙光彩奪目的翅膀讓人不敢直視。摩斯拉很快就逃離了帝王組織建立的防范措施，不知所蹤。
而后查爾斯帶著艾瑪博士，借助她的奧卡裝置不斷的在全球各地釋放那些帝王組織基地中的怪獸。
隨著這些怪獸的蘇醒，一場威脅全球的危機正在來臨。
而芹澤博士等人對于艾瑪博士的行為不認同，他們雖然相信人類可以和這些怪獸和平共處，卻需要時間。
人類對于他們的了解還是太少了。