馬尼拉，西班牙殖民者在亞洲的軍事基地，也是亞洲最大、最繁華的貿易港口，其位于呂宋島天然的良港馬尼拉灣東岸，建于巴石河兩岸。
1571年，海上殖民強國西班牙從馬尼拉登陸，入侵并占領了呂宋島，然后在馬尼拉城中心的巴石河南岸建立了城堡和炮臺。自那時起，這里便成了西班牙殖民統治當局的首府。
西班牙殖民者在1530年代征服南美洲的秘魯，為西班牙提供了大量白銀。有了這些白銀，西班牙就能直接購買東方的奢侈品，擺脫了對葡萄牙中間人的依賴。由于中國政府不允許西班牙在中國海岸建立永久性居民點，西班牙被迫到其他地方尋找合適的港口。
當西班牙在1571年奪得呂宋島的馬尼拉時，它已經是一個繁榮的港口了。馬尼拉已經有了牢固確立的中國商人和東南亞商人的商業社團。這些以馬尼拉為基地的商人經營印度尼西亞東部群島的產品，已經變得很富有了，但他們也經常與日本、越南和泰國做生意。
從16世紀到18世紀，從呂宋島的馬尼拉到新西班牙（今墨西哥）的阿卡普爾科之間，商船從未停止航行。1573年，馬尼拉的第一艘蓋倫帆船裝載著中國絲綢，緞紋織物、瓷器和東南亞的香料，駛往阿卡普爾科；返回馬尼拉時運來西班牙人取自美洲的白銀。此后200多年間，馬尼拉都是亞洲產品換成新世界白銀的商業周轉中心。
只不過，相對于西班牙殖民者的大肆掠奪，馬尼拉的中國商人卻是厄運不斷。16世紀晚期，福建華人與呂宋島間的貿易得到迅速發展，大批華人前往呂宋島定居，到明萬歷年間，廣東海盜林鳳在呂宋與西班牙殖民者開釁。激起西入對華僑的仇視。
西班牙強盜不僅要對前來交易的中國海商征以重稅，而且特別規定，到呂宋的中國商船每艘只能載兩百人，而返程的時候則必須加倍運回商人，“必倍以四百”。這等于是一種變相的驅逐。
西班牙殖民者又制訂制度，要求中國商人運入的貨物必須由總督委派的官員整批估價，然后分配給西班牙商人，中國人不得私下交易。希望借此從數量和價格兩端限制中國商品的輸入。
最后，西班牙人還拼命限制中國商人在呂宋等島的經商范圍。他們把中國商人集中在馬尼拉的一個小區——澗內，中國商人在澗內平時不能外出，更不能在外面過夜，常常因極小的事故而被拘鎖并科以罰金，甚至可能由于未保持住所清潔而遭到罰款。
這些還遠遠不夠。于是在1603年和1639年，西班牙殖民者舉起了屠刀。萬歷到崇禎年間，西班牙殖民者兩次屠殺馬尼拉華僑，雖然惴惴不安，但都是有驚無險。
“海外爭斗，未知禍首；又中國四民，商賈最賤，豈以賤民，興動兵革?又商賈中棄家游海，父兄親戚，共所不齒，棄之無所可惜……”
大屠殺發生在海外，也查不到罪魁禍首。士民工商，商人最賤，怎能為自棄于王化的賤民而打仗？華商棄家于不顧，跑到海外，父兄親戚都為之羞愧，放棄他們，無傷大雅。
好一派狗屁之言！
明亡于萬歷，鐵板釘釘！
1603年第一次大屠殺以后，西班牙殖民強盜發現馬尼拉沒有理發師、沒有裁縫、沒有鞋匠、沒有廚師、沒有農民和牧民，沒有糧食吃，沒有鞋子穿，即使出極高的價錢也買不到。強盜們自己供認，“華僑乃所有行業的從業人手，是以合理的工價從事勞動的優秀勞動者，沒有華僑，馬尼拉是不可能維持得下去的。
對于西班牙殖民政府來說，華商每年所納進口稅達五萬二千比索，中國的紡織品在墨西哥所納的進口稅比馬尼拉還要多。因此．華商不到，菲律賓和墨西哥的殖民政府都經受不起這么大的稅收損失。至于一切和征收關稅和執照費有關的人物，撈的更多，那就更不用說了。總之，離開華商華僑，西班牙強盜就活不下去。
菲律賓經濟一片蕭條，殖民當局掌握技術的勞動力嚴重不足，因而不得不采取措施，鼓勵華商前來菲律賓貿易。一些西班牙人紛紛將幸存華人留在家中，給予“庇護”，以供家庭服務和從事手工藝制作，為自己增殖財富。歷史從正反兩面又一次證明，沒有中國商品的供應，沒有華僑的服務，西班牙人就無法在菲律賓生活下去。他們發現，沒有華商，菲律賓的統治維持不下去的，于是不侵不放松對華商的限制，又有大批中國商船駛往馬尼拉，“澗內”日益繁榮起來。
崇禎十二年（1639年），在呂宋島的華商又增至一萬多人，全島總數達二萬五千至三萬人。西班牙人對華商實行殘酷的剝削和蹂躪，不僅征收苛重的稅收，還強迫華商服繁重的勞役，許多華商被活活折磨死。中國商人實在忍無可忍，奮起反抗，西班人立即調集大軍加以圍剿，再次用大炮將華人居住地“澗內”轟平，使昔日繁榮的“澗內”頃刻化為灰燼。接著在呂宋島全境進行大屠殺，有的把華商騙到一個大院內進行集體槍殺，有的采用突然襲擊的手段，將毫無準備的華商殺害，甚至連老人、小孩也不能幸免。這次大屠殺延續了三個多月，罹難華商達二萬四千余人。明廷曾派鄭芝龍率部眾進攻呂宋，結果因沒有軍餉可發而就此停滯。是真是假，不得而知。
第二次大屠殺后，西班牙人又發現日子不好過，決定稍稍放寬尺度，允許華商長住“澗內”，因此，到菲律賓的華商又逐漸增加，到崇禎十七年(1644年)，已恢復到二萬五千人至三萬人，“澗內”再次成為繁華的商業區。
坐落在巴石河沿岸的圣地亞哥城堡，由西班牙殖民者建造，以防止外敵入侵，位于西班牙殖民者聚集的馬尼拉王城的西北部，是西班牙統治者的主要防御陣地。圣地亞哥城堡修建于1571年，歷史15年完工，被西班牙西班牙殖民統治者稱為“自由圣地”。1590年西班牙總督改建為是石城堡，城墻厚達10米，設有塔樓和炮臺，城外修建有護城河。